公司用法人个人账户发工资通常是不合法的，且存在多重风险。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与违规分析
劳动法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位应当将工资直接支付给劳动者本人，并且以法定货币形式，通过银行转账或现金等方式支付。公司使用法人个人账户发工资，违背了工资支付的规范性和透明度要求，可能试图隐瞒真实的工资支付情况，从而逃避缴纳社会保险费、住房公积金以及个人所得税等法定义务。
公司法角度：
- 《中华人民共和国公司法》规定，公司是企业法人，拥有独立的法人财产权。公司使用法人个人账户发放工资，可能导致公司财产与个人财产混同，违反了公司财产独立的原则。在极端情况下，这种混同可能使法人个人承担公司债务的后果，损害法人个人的财产权益。
税务法律法规角度：
- 公司作为独立的法人实体，有依法纳税的义务。使用法人个人账户发工资，可能导致公司账目不实，影响企业所得税的计算和缴纳。同时，员工个人的工资收入也应依法缴纳个人所得税，但这种方式可能无法准确代扣代缴，造成国家税收流失。税务机关在进行检查时，若发现此类行为，可能会认定公司存在税务违法行为，并根据《中华人民共和国税收征收管理法》进行处罚，严重者甚至可能面临刑事责任。
二、潜在风险
财务与税务风险：
- 使用法人个人账户发工资容易造成公司财务混乱，影响账目的透明度和可信度。这不利于企业的长远经营和发展，也可能引发税务机关的严格核查，被认定为涉嫌偷逃税款，从而遭受税务处罚，甚至承担刑事责任。
法律风险：
- 除了可能构成逃税行为外，使用法人个人账户发工资还可能因违反金融监管规定而被视为异常交易行为，引发反洗钱等方面的监管风险。此外，这种行为还可能导致公司人格与法定代表人个人人格的混同，从而引发一系列法律问题，如公司债务的无限追索等。
员工权益损害：
- 以法人个人名义发工资会使员工的权益受到损害。在发生劳动争议时，员工难以提供准确的工资支付凭证，影响其主张加班工资、经济补偿金等合法权益。如果发放工资的法人个人出现经济问题或拒绝支付工资，员工将面临追讨工资的困境。
三、特殊情况处理与合规建议
特殊情况处理：
- 在特殊紧急情况下（如公司账户临时被冻结），经过与员工充分沟通并取得同意后，可临时通过法人个人账户发放工资。但此情况需尽快恢复正常工资发放渠道，并做好相关记录和说明，以降低潜在风险。
合规建议：
- 规范工资支付行为：公司应严格按照法律法规的要求，通过正规渠道和程序支付工资，确保工资支付的规范性和透明度。优先使用公司对公账户发放工资，避免使用个人账户进行工资发放等不合规行为。
- 完善财务管理制度：公司应建立完善的财务管理制度，确保财务信息的真实性和透明度。这包括明确的工资发放流程、规范的账务处理以及定期的内部审计等。
- 依法履行税收和社保责任：公司应依法缴纳税款和社会保险费，确保员工的合法权益得到保障。同时，加强与税务机关的沟通与合作，及时了解税收政策的变化和要求，确保公司的税务合规性。
综上所述，公司使用法人个人账户发工资通常是不合法的，并且存在多方面的风险和隐患。为确保合规性和保护员工权益，公司应严格遵守相关法律法规，确保工资支付的合规性。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。