结论前置：个体工商户将店铺承包给员工（或他人）经营的合法性，取决于是否遵守了《个体工商户条例》及相关法律法规，并完成了必要的程序。未经合法变更登记，擅自将经营权转包给他人的行为通常是不合法的，可能面临法律后果。以下从多个角度进行详细分析：

1. 法规基础与行为合法性判断：

   • 根据《个体工商户条例》第十条的规定，个体工商户变更经营者时，应先办理注销登记，再由新的经营者重新申请注册登记。这表明个体工商户的经营者与经营活动具有特定关联性，不能随意转包。
   • 若个体工商户想要将经营权转让或承包，并非绝对禁止，但必须确保不违反相关法律法规，并完成必要的程序，如经营者变更登记。若家庭经营的个体工商户在家庭成员间变更经营者，也需依法办理变更手续，此情况下承包经营是合法的。

2. 承包过程中的法律原则：

   • 合同有效性：承包双方必须签订合法有效的承包合同，明确双方的权利与义务，以确保合同的法律效力和可执行性。合同内容应涵盖承包期限、承包费用、经营方式、违约责任等关键条款。
   • 资质与许可：承包者需具备经营所需的所有资质或许可，如营业执照、行业许可证等。若承包者不具备相应资质，将面临行政处罚或法律责任。
   • 税务合规：承包期间的税务责任仍由注册人（即原个体工商户经营者）承担，但承包者应确保税务申报和缴纳的合规性，避免给注册人带来税务风险。
   • 劳动法规遵守：若承包过程中涉及雇佣员工，承包者需遵守劳动法律法规，保障员工权益，如签订劳动合同、支付工资、缴纳社会保险等。

3. 法律后果与风险：

   • 若未依法办理变更登记而擅自承包经营，登记机关可能责令限期改正；逾期未改正的，可能被吊销营业执照，导致个体工商户无法继续经营。
   • 承包合同若违反法律、行政法规的强制性规定，可能被认定为无效合同，双方权益无法得到有效保障。此外，若承包过程中存在欺诈、胁迫等情形，合同也可能被撤销。

实际操作建议：

• 在考虑将店铺承包给员工（或他人）经营前，个体工商户应详细了解并遵守相关法律法规，确保行为的合法性和合规性。
• 承包过程中应签订详细、合法的承包合同，并明确双方的权利与义务。同时，应确保承包者具备经营所需的所有资质或许可。
• 加强监管和管理，确保承包行为不会损害自身和他人的合法权益。如定期审查承包者的经营情况、税务申报情况等。

综上所述，个体工商户将店铺承包给员工（或他人）经营的合法性取决于是否遵守了相关法律法规并完成了必要的程序。在实际操作中，应谨慎对待，确保所有行为的合法性与合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。