公司让员工办理个体户营业执照是否合法，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：
合法情形
- 基于真实业务需求且员工自愿
- 如果公司因业务拓展、经营模式创新等合理原因，需要员工以个体户的形式开展部分业务，且员工完全出于自愿办理个体户营业执照，同时公司与员工之间就业务开展、利益分配等事项签订了合法有效的协议，明确双方的权利义务，这种情形下一般是合法的。
- 例如，公司是一家大型连锁餐饮企业，为了拓展外卖业务，鼓励部分员工以个体户的形式与外卖平台合作，专门负责外卖订单的接收和配送。员工自愿办理个体户营业执照，与公司签订合作协议，约定外卖业务的收入分配、成本承担等事项，这种情况下公司的行为是合法的。
- 符合相关政策规定
- 某些地区为了鼓励创业、促进就业，出台了相关政策支持员工以个体户的形式参与公司业务。如果公司的要求符合这些政策规定，并且按照政策要求履行了相关手续，那么公司让员工办理个体户营业执照也是合法的。
- 比如，当地政府为了推动电商产业发展，出台政策鼓励企业员工以个体户形式开展电商业务，并给予一定的税收优惠和财政补贴。公司按照政策要求，引导员工办理个体户营业执照，并协助员工享受相关政策待遇，这种行为是合法的。
违法情形
- 以规避法律义务为目的
- 如果公司让员工办理个体户营业执照的主要目的是为了规避公司的法律义务，如逃避缴纳社会保险、逃避税收、规避劳动法律责任等，这种行为是违法的。
- 例如，公司为了不为员工缴纳社会保险，要求员工办理个体户营业执照，然后以合作的形式与员工签订协议，将原本的劳动关系转变为合作关系。但实际上，员工仍然接受公司的管理，从事公司安排的工作，这种行为违反了《社会保险法》和《劳动合同法》的相关规定，公司可能面临劳动行政部门的处罚，同时员工也有权要求公司补缴社会保险、支付经济补偿等。
- 强迫员工办理
- 公司如果采用威胁、利诱、欺骗等手段强迫员工办理个体户营业执照，这种行为不仅违反了《劳动合同法》中关于劳动者自愿就业的规定，还可能涉及侵犯公民人身权利等违法犯罪行为。
- 比如，公司以辞退、扣发工资等手段威胁员工办理个体户营业执照，员工为了保住工作不得不服从公司的要求。这种情况下，员工可以向劳动监察部门投诉，要求公司纠正违法行为，并可以依据《劳动合同法》的规定解除劳动合同，要求公司支付经济补偿。
法律后果
- 对于公司：如果公司让员工办理个体户营业执照的行为被认定为违法，可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等；同时，公司还可能需要承担民事赔偿责任，如为员工补缴社会保险、支付经济补偿等；如果公司的行为构成犯罪，如强迫劳动罪等，相关责任人还可能面临刑事处罚。
- 对于员工：如果员工在公司的强迫或欺骗下办理了个体户营业执照，可能会面临一些不必要的法律风险和经济损失。例如，员工可能需要承担个体户经营过程中的税收、债务等责任；同时，员工的劳动权益也可能得不到保障，如无法享受工伤保险、失业保险等福利待遇。
建议：
- 对于公司：在要求员工办理个体户营业执照时，一定要确保行为的合法性，基于真实的业务需求，尊重员工的意愿，并与员工签订合法有效的协议，明确双方的权利义务。同时，要遵守相关政策规定，履行必要的审批和备案手续。
- 对于员工：如果公司要求你办理个体户营业执照，一定要谨慎对待。要了解公司的真实意图和目的，评估办理个体户营业执照可能带来的法律风险和经济损失。如果对公司的要求存在疑问或担忧，可以向劳动监察部门咨询或投诉，也可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。