公司让员工办理营业执照并开发票的行为是否合法，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若员工以个人名义办理营业执照并为公司开具发票，可能涉及虚开发票或非法经营，存在法律风险
   根据《发票管理办法》第二十二条，开具发票需与实际经营业务相符。若员工未实际经营，仅为公司“代开发票”，可能构成虚开发票（包括为他人虚开、让他人为自己虚开），违反《刑法》第二百零五条，情节严重者将面临刑事处罚。此外，若员工未实际经营却办理营业执照，可能涉嫌非法经营（如无资质从事特定行业），违反《刑法》第二百二十五条。

2. 若员工以公司名义办理营业执照（如分公司或子公司），并依法开具发票，则合法
   若公司授权员工以分支机构名义注册营业执照，且业务真实、发票内容与实际交易一致，则符合《公司法》及税务法规要求。例如，公司设立分公司，由员工担任负责人并办理营业执照，分公司独立核算、依法纳税，此行为合法。

3. 公司强制员工办理营业执照可能涉及劳动法问题
   根据《劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者不得要求劳动者提供担保或以其他名义收取财物。若公司以“办理营业执照”为由要求员工承担费用或威胁就业权益（如不办理则解雇），可能构成违法。员工有权拒绝并可向劳动监察部门投诉。

建议：

• 对员工而言，若公司要求办理营业执照，需确认是否实际参与经营、发票内容是否真实，避免成为虚开发票的“工具人”；
  
• 对公司而言，应通过合法途径（如设立分支机构）开展业务，避免要求员工“代办”营业执照，否则可能面临税务稽查及刑事风险。
  

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