结论：公司员工为公司开票是否合法，需根据具体情况判断，主要看开票行为是否符合税法规定及公司财务管理制度。以下从不同角度详细分析：
一、合法开票的情形
正常业务往来开票：
- 如果员工代表公司与客户进行业务往来，并按照公司规定和税法要求开具发票，这是完全合法的。例如，员工作为销售代表，在销售商品或提供服务后，根据合同和交易情况为客户开具发票。
公司授权开票：
- 若公司明确授权员工在特定情况下代表公司开票，且员工在授权范围内行事，这种开票行为也是合法的。公司应确保授权明确、具体，并留存相关授权文件作为证据。
二、可能违法的情形
虚开发票：
- 如果员工在没有真实交易的情况下为公司开具发票，或者开具与实际交易不符的发票（如金额、数量、品名等不符），这构成虚开发票行为，是违法的。虚开发票可能涉及偷税、漏税等违法行为，严重者可能构成犯罪。
- 法律依据：根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
未经授权开票：
- 如果员工未经公司授权擅自开票，或者超出授权范围开票，这种行为可能违反公司财务管理制度，甚至可能构成违法行为。公司应加强对员工开票行为的监督和管理，确保开票行为合法合规。
利用开票进行利益输送：
- 如果员工通过开票行为为自己或他人谋取不正当利益，如收受回扣、贿赂等，这种行为不仅违法，还可能构成犯罪。公司应建立健全内部控制机制，防止员工利用开票行为进行利益输送。
三、法律建议
加强公司财务管理：
- 公司应建立健全财务管理制度，明确开票流程和审批权限，确保开票行为合法合规。同时，公司应加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识。
定期审计和检查：
- 公司应定期对开票行为进行审计和检查，及时发现和纠正违法行为。对于发现的违法行为，公司应依法进行处理，并追究相关人员的责任。
咨询专业律师：
- 如果公司对开票行为的合法性存在疑问，或者遇到复杂的开票问题，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见。作为专注于婚姻家庭、劳动纠纷领域的律师，虽然我主要处理这些领域的案件，但我也具备基本的税法知识，可以为你提供初步的法律咨询。如果涉及更复杂的税法问题，我会建议你咨询专门从事税法领域的律师。
总结：公司员工为公司开票是否合法，需根据具体情况判断。公司应加强财务管理和审计检查，确保开票行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。