结论：员工所在的公司给其上班的公司开普票（即开具普通发票）这一行为，在符合税法规定和商业常规的情况下，是合法的。但具体是否合法，还需根据实际情况判断，以下从多个角度进行分析：
一、发票开具的合法性基础
税法规定：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税法规定，企业之间在发生真实交易时，有权开具和取得发票。普通发票是发票的一种，用于记录一般商业交易，是合法的财务凭证。
- 只要交易真实存在，且符合税法规定的开票条件（如开票方与受票方存在真实的业务往来、开票内容与实际交易相符等），开具普通发票就是合法的。
商业常规：
- 在商业活动中，企业之间经常需要开具发票以确认交易、结算款项和进行税务申报。开具普通发票是商业常规的一部分，只要交易合法且符合税法规定，就没有问题。
二、可能存在的违法情形
虚开发票：
- 如果公司之间没有真实的交易背景，而仅仅是为了套取资金、逃避税收或其他非法目的而开具普通发票，这就构成了虚开发票的行为，是违法的。
- 虚开发票不仅违反了税法规定，还可能涉及诈骗、洗钱等更严重的犯罪行为。
开票内容与实际交易不符：
- 如果开具的普通发票上的内容与实际交易不符，如虚构交易项目、夸大交易金额等，这也属于违法行为。
- 这种行为可能误导税务机关和其他相关部门，破坏税收秩序和市场经济秩序。
三、对员工的影响及建议
对员工的影响：
- 如果员工所在的公司合法地给其上班的公司开具普通发票，且交易真实存在，那么这对员工来说通常没有直接影响。
- 但如果公司存在虚开发票等违法行为，员工可能会因涉及公司违法行为而面临一定的法律风险，如被税务机关调查、承担连带责任等。
建议：
- 作为员工，如果对公司开具发票的行为有疑问或担忧，可以了解相关的税法规定和商业常规，以判断公司行为是否合法。
- 如果发现公司存在虚开发票等违法行为，应及时向相关部门举报，以保护自己的合法权益和避免潜在的法律风险。
总结与进一步思考：开具普通发票本身并不违法，关键在于交易是否真实存在以及开票内容是否与实际交易相符。作为员工，应关注公司行为的合法性，并在必要时采取措施保护自己的权益。如果您对公司开具发票的行为有进一步的疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。