公司在别的公司开票是否合法，主要取决于开票行为是否基于真实的交易关系。以下是对这一问题的详细分析：
合法开票的情况
基于真实交易的开票：
- 如果两家公司之间存在真实的交易关系，例如商品销售、服务提供等，那么一方为另一方开具发票是合法的。这种发票反映了真实的交易情况，是税务管理和财务核算的重要依据。
税务机关代开：
- 在某些特定合法情形下，如小规模纳税人需要开具增值税专用发票时，可向主管税务机关申请代开。这种在税务机关监管下，按照真实业务情况代开发票的行为也是合法的。
违法开票的情况
虚开发票：
- 如果公司为其他公司开具的发票与实际经营业务情况不符，例如没有实际销售却开具销售发票，或发票金额与实际交易不符等，都属于虚开发票行为。这种行为是违法的，甚至可能构成犯罪。
法律责任：
- 行政责任：根据《中华人民共和国发票管理办法》，虚开发票的，税务机关将没收违法所得，并根据虚开金额的大小处以相应罚款。虚开金额超过1万元的，罚款力度将显著加大。
- 刑事责任：依据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，将面临有期徒刑、拘役及罚金的处罚。情节严重者，刑罚将更加严厉，甚至可能面临无期徒刑或财产没收。
法律建议与警示
严格遵守法律法规：
- 公司和个人应严格遵守相关法律法规，确保发票的开具和使用均基于真实的交易关系。这是避免法律风险的关键。
合法途径代开发票：
- 如需代开发票，应通过合法途径向税务机关申请。不要试图通过非法手段获取发票，以免陷入法律纠纷。
保持警惕并及时举报：
- 对于任何涉嫌虚开发票的行为，都应保持警惕并及时向相关部门举报。这有助于维护市场秩序和税收公平。
举例说明：
- 假设A公司向B公司销售了一批货物，并按照实际交易金额开具了发票。这是合法的开票行为。
- 如果A公司并未向B公司销售货物，却为B公司开具了销售发票，或者开具的发票金额与实际交易不符，那么这就是虚开发票行为，是违法的。
总结：公司在别的公司开票是否合法，关键在于开票行为是否基于真实的交易关系。为了确保合法合规，建议公司在开票前仔细审查交易情况，确保发票的开具和使用均符合法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。