关于公司代开发票是否合法的问题，这确实是一个需要细致分析的情况。首先，我们可以明确地说，公司代开发票的合法性并非一概而论，而是取决于具体的操作方式和情境。
合法的代开发票情况
税务机关代开：
- 在某些特定情境下，比如小规模纳税人或临时经营的纳税人，由于自身无法开具发票，他们可以向税务机关申请代开。例如，个体工商户在需要开具增值税专用发票时，如果自身不具备开具条件，就可以向当地税务机关提出申请。
- 这种代开行为是有明确法律依据的，即《中华人民共和国发票管理办法》第十六条，它规定了需要临时使用发票的单位和个人，可以向经营地税务机关申请代开发票，并需先缴纳税款再开具。
符合规定的委托代开：
- 在特定行业或业务中，经过税务机关的批准，企业之间也可以进行委托代开发票。比如，在部分快递行业中，小型网点在符合规定和程序的前提下，可以代总公司向客户开具发票。
- 这种代开行为同样需要遵循严格的程序和要求，并且有相关的法规作为支撑，如《国家税务总局关于印发〈税务机关代开增值税专用发票管理办法（试行）〉的通知》等。
违法的代开发票情况
然而，在多数情况下，公司代开发票是违法的，这主要包括以下两种行为：
虚开发票：
- 虚开发票是指在没有真实交易的情况下，为他人或为自己开具与实际经营业务不符的发票，或者让他人为自己开具此类发票。这种行为严重扰乱了税收秩序，是税法严厉打击的对象。
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票等行为将面临严厉的刑事处罚，包括有期徒刑、无期徒刑以及罚金或没收财产等。
非法转借、转让代开发票：
- 这种行为是指将自己的发票非法转借给其他单位或个人使用，或者将代开发票的资格非法转让。这种行为同样违反了税法规定，破坏了税收管理的正常秩序。
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十九条，此类行为将面临1万元至50万元不等的罚款，有违法所得的还将被没收。
结论与建议
综上所述，公司代开发票的合法性取决于具体的操作方式和情境。在税务机关代开和符合规定的委托代开情况下，代开发票是合法的；但在虚开发票和非法转借、转让代开发票的情况下，则是违法的。
因此，我建议公司在处理发票开具问题时，应严格遵守税法规定，避免进行任何形式的违法代开发票行为。如果公司有开具发票的需求，应依法向税务机关申请开具，或者通过符合规定的委托代开方式进行，以确保公司的合规性和避免不必要的法律风险。