关于公司要求员工注册个体户是否合法的问题，这并非一个简单的是非题，而是需要根据具体情况进行综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、员工注册个体户的合法性基础
首先，从法律层面来看，我国并未明确禁止公司员工注册个体户。员工在工作之余，以个人名义注册个体户并开展合法的经营活动，在大多数情况下是被允许的。但这一行为的前提是，它不能违反员工与公司签订的劳动合同中的相关约定，不能损害公司的利益，也不能影响员工本职工作的正常进行。
二、公司要求的合法性分析
违法情况：
- 规避劳动法律责任：如果公司通过要求员工注册个体户的方式，试图将原本的劳动关系转变为合作关系，以此逃避为员工缴纳社保、支付加班工资等劳动法规定的义务，那么这种行为是违法的。
- 偷税漏税：如果公司利用员工注册的个体户进行虚假交易、虚开发票以逃避税务监管，这也是违法的。
- 侵害员工权益：如果公司要求员工注册个体户后，将经营风险和债务完全转嫁给员工个人，且未提供充分的法律支持和保障，这也可能构成对员工权益的侵害。
合法情况：
- 真实业务合作需求：如果公司与员工注册的个体户之间存在真实、合理的业务往来，且个体户独立开展经营活动、自负盈亏，与公司形成平等的商业合作关系，那么这种行为是合法的。
- 员工自主创业意愿：如果员工本身有自主创业的打算，公司出于鼓励员工创业的目的提供帮助和支持，只要员工的创业活动与公司业务相对独立，且不影响其正常履行劳动合同约定的职责，这种情况也是合法的。
三、员工应注意事项
- 查阅公司规章制度和劳动合同：在决定注册个体户前，员工应仔细查阅公司的规章制度和劳动合同，确保没有禁止或限制从事此类活动的条款。
- 评估业务竞争关系和利益冲突：如果员工注册的个体户所从事的业务与公司的业务存在直接竞争关系或可能引发利益冲突，应谨慎考虑是否进行注册，并咨询专业律师的意见。
四、公司应遵守的原则
公司应严格遵守相关法律法规，不得利用员工注册个体户来规避法律责任或损害员工权益。同时，公司应加强对员工的法律宣传和教育，确保员工了解自己的权益和义务。
综上所述，公司要求员工注册个体户是否合法取决于具体情况。在决定此类事项时，公司和员工都应充分考虑法律法规、公司规章制度、劳动合同约定以及业务竞争关系和利益冲突等因素，并寻求专业法律意见以确保行为的合法性和合规性。