结论：工厂在您已写请假条且周日原本就不上班的情况下扣您周日工资，这一做法可能不合理，但具体还需结合工厂的规章制度、劳动合同以及实际情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、从工厂规章制度和劳动合同的角度
规章制度合法性：
- 工厂的规章制度应当符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示或告知劳动者。如果工厂的规章制度中明确规定了周日不上班且不扣工资，或者没有明确规定周日上班或扣工资的情况，那么工厂扣您周日工资的做法就可能缺乏依据。
- 如果工厂的规章制度中确实有关于周日扣工资的规定，但这一规定违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班工资支付等），那么该规定也是无效的。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了周日不上班且不扣工资，或者没有约定周日扣工资的情况，那么工厂扣您周日工资的做法就违反了劳动合同的约定。
二、从实际情况的角度
请假条的性质：
- 您已经写了请假条，这表明您已经向工厂提出了休息的申请，并且工厂已经接受了这一申请。在这种情况下，工厂再扣您周日工资就显得不合理。
- 如果工厂认为您的请假条不符合规定（如未提前申请、未经过审批等），那么工厂应当按照规章制度或劳动合同的规定进行处理，而不是直接扣工资。
周日上班的性质：
- 如果周日原本就是工厂的休息日，且您没有违反工厂的规章制度或劳动合同的约定（如擅自离岗、旷工等），那么工厂扣您周日工资就没有法律依据。
- 如果周日是工厂的加班日，但您已经按照工厂的规章制度或劳动合同的约定提出了休息申请，并且工厂已经接受了这一申请，那么工厂也不应当扣您周日工资。相反，如果工厂要求您在周日加班，那么应当按照法律法规的规定支付加班工资。
三、建议与行动
与工厂沟通：
- 首先，您可以与工厂的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解工厂扣您周日工资的具体原因和依据。
- 在沟通过程中，您可以出示您的请假条以及工厂的规章制度和劳动合同等相关证据，以支持您的观点。
申请劳动仲裁：
- 如果与工厂的沟通没有结果，或者工厂坚持扣您周日工资且没有合理的依据，那么您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁。
- 在申请劳动仲裁时，您需要提供相关证据（如请假条、工资条、工厂规章制度、劳动合同等）来支持您的主张。
寻求法律援助：
- 如果您在劳动仲裁过程中遇到困难或需要进一步的法律帮助，您可以向我咨询或寻求其他专业律师的法律援助。
最后，我希望您能够顺利解决这一问题。如果还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。