结论前置：工资已经结清后，员工在特定情况下仍然有权申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。这主要取决于员工是否存在其他权益受损的情况。以下是一些可能的情况及相应的法律解释：
存在加班工资等未足额支付问题
- 解释：即使基本工资已经结清，但如果用人单位未按照法律规定支付加班工资，员工仍有权申请劳动仲裁要求支付加班工资差额。例如，员工在休息日或法定休假日加班，但用人单位未支付相应的加班工资，员工就可以申请仲裁来维护自己的权益。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者延长工作时间、休息日或法定休假日工作的，需支付相应的加班工资报酬。
用人单位存在违法解除劳动关系情形
- 解释：如果用人单位无故辞退员工或以不合理理由解除劳动合同，员工可以申请劳动仲裁要求支付赔偿金。比如，用人单位没有提前通知员工就解除劳动合同，或者解除劳动合同的理由不符合法律规定，员工都有权申请仲裁。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条，用人单位违反本法规定解除或终止劳动合同的，需按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
未依法缴纳社会保险等福利问题
- 解释：用人单位有义务为员工缴纳社会保险，若未依法缴纳，员工可以申请劳动仲裁要求补缴。同时，住房公积金等福利待遇问题也可通过仲裁解决。例如，用人单位未为员工缴纳养老保险、医疗保险等社会保险，员工就可以申请仲裁来要求用人单位补缴。
- 法律依据：根据《中华人民共和国社会保险法》第五十八条，用人单位应自用工之日起三十日内为职工办理社会保险登记。
未签订劳动合同
- 解释：若用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与员工签订书面劳动合同，员工可以申请劳动仲裁要求支付双倍工资。这是为了保护员工的合法权益，防止用人单位利用未签订劳动合同来逃避法律责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
申请仲裁的时效与注意事项：
- 时效期间：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。对于劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，员工申请仲裁不受时效期间的限制，但劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
- 注意事项：
- 准备证据：申请仲裁时，员工需准备相关证据材料，如劳动合同、工资单、加班记录、解除劳动关系通知等，以证明自己的主张。
- 提交申请：向当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委提交仲裁申请，并填写仲裁申请书和提供相关证据。
- 等待处理：仲裁委将在规定时间内立案，并安排开庭审理。员工需如实陈述主张和理由，并提供证据进行证明。
不可申请仲裁的情况：
若工资已经结清，且不存在其他劳动争议事项，如未支付加班工资、违法解除劳动关系、未缴纳社会保险等违法行为，员工单纯以工资已经结清为由申请仲裁，一般不会得到仲裁机构的支持。
综上所述，工资结清后，员工在特定情形下仍有权申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。在申请仲裁时，员工应了解相关法律法规，准备充分证据，并按照程序要求提交申请和参与审理过程。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。