结论：员工工资已结清却仍要求仲裁，需根据其仲裁请求的具体内容来应对。若员工以未签劳动合同要求双倍工资、违法解除劳动关系要求赔偿金等理由申请仲裁，用人单位应积极收集证据，依据事实和法律进行答辩；若员工存在恶意仲裁行为，用人单位可提供证据反驳，并根据仲裁结果决定是否提起诉讼。

分析：

1. 明确仲裁请求：

   • 当已结清工资的员工申请劳动仲裁时，用人单位首先要弄清楚员工的仲裁请求是什么。这有助于用人单位有针对性地准备证据和答辩材料。

2. 针对不同请求的应对策略：

   • 若员工以未签劳动合同要求双倍工资：用人单位应收集并整理劳动合同、工资发放记录等证据，以证明双方存在合法的劳动关系，且用人单位已按时支付工资。若确实未签订劳动合同，用人单位需考虑是否因此存在法律风险，并准备相应的法律解释和应对措施。
   • 若员工以违法解除劳动关系要求赔偿金：用人单位应提供解除劳动关系的合法依据，如员工违纪记录、解除劳动合同通知书等，以证明解除行为合法合规。同时，用人单位还需检查解除程序是否符合法律规定，如是否提前通知、是否支付经济补偿等。
   • 若员工以其他理由申请仲裁：用人单位应根据具体理由，收集并整理相关证据，以证明自身行为的合法性和合理性。

3. 证据收集与整理：

   • 无论员工以何种理由申请仲裁，用人单位都应积极收集并整理相关证据。这些证据包括但不限于工资发放记录、考勤记录、劳动合同、解除劳动关系通知书、员工违纪记录等。证据应真实、完整、具有关联性，能够证明用人单位已正常履行劳动关系义务。

4. 依据事实和法律进行答辩：

   • 在仲裁过程中，用人单位应依据事实和法律规定进行答辩。答辩材料应清晰、准确地阐述用人单位的立场和依据，反驳员工的仲裁请求。同时，用人单位还应尊重仲裁程序，遵守仲裁规则，积极配合仲裁委员会的工作。

5. 应对恶意仲裁：

   • 若员工存在恶意仲裁行为，企图通过仲裁获取不当利益，用人单位可提供相应证据进行反驳。这些证据包括但不限于员工之前的言行记录、与其他员工的交流记录等，能够证明员工存在恶意仲裁的动机和行为。

6. 根据仲裁结果决定是否提起诉讼：

   • 劳动仲裁委员会将根据双方提交的证据和陈述来依法裁决。若裁决结果对用人单位不利，用人单位可根据实际情况决定是否提起诉讼来维护自己的合法权益。在提起诉讼前，用人单位应仔细评估诉讼风险和成本，确保诉讼行为具有合理性和必要性。

建议：

• 用人单位在面对员工工资已结清却仍要求仲裁的情况时，应保持冷静和理性，积极应对并收集相关证据。
• 用人单位应加强与员工的沟通和协商，尽量通过和解方式解决纠纷，避免不必要的法律诉讼。
• 若无法通过和解解决纠纷，用人单位应及时寻求专业法律帮助，确保自身权益得到充分保护。

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