公司因员工申请仲裁而不发工资是违法的。员工有权依法维护自身合法权益，公司不能以任何理由拖欠工资。
公司行为的违法性分析
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。员工申请仲裁是依法行使自己的权利，旨在解决劳动争议，公司不能因此拒绝支付员工应得的工资。这种行为不仅违反了劳动法的规定，也损害了员工的合法权益。
员工可采取的措施
与公司沟通协商
- 尝试与公司进行友好沟通，明确指出公司拒发工资的违法行为，并要求及时支付工资。在沟通过程中，建议保留好相关记录，如聊天记录、通话录音等，作为后续可能的证据使用。
继续推进仲裁申请或向法院申请强制执行
- 如果公司拒绝协商或协商无果，员工可以继续向当地劳动仲裁委员会推进仲裁申请，要求公司支付拖欠的工资及可能的经济补偿金。
- 若仲裁裁决生效后公司仍拒不支付，员工可以在裁决书生效之日起15日内向有管辖权的基层人民法院申请强制执行，法院将依法采取强制措施追讨欠薪。
向劳动监察部门投诉
- 同时或单独向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门将对公司进行调查，并可能采取责令改正、罚款等强制措施，以保障员工的权益。
寻求刑事救济途径
- 如果公司拖欠工资的行为构成恶意拖欠，且经政府有关部门责令支付仍不改正，可能构成拒不支付劳动报酬罪。员工可以向公安机关报案，依法追究公司的刑事责任。
注意事项与建议
- 在整个维权过程中，员工应保持冷静和理智，避免采取过激行为。
- 准备好所有与劳动争议相关的证据材料，如工作合同、工资条、出勤记录等，以便在需要时提供证明。
- 如果遇到任何法律难题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律支持。
综上所述，公司因员工申请仲裁而不发工资是违法的，员工可以通过多种途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，保持冷静、理智，并寻求专业法律支持是至关重要的。