公司以有劳动争议为由不发工资，这种做法通常是不合法的。以下从几个方面为你详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国劳动法》以及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是用人单位的基本义务，也是劳动者的重要权利。劳动争议的存在，并不构成用人单位拖欠或拒付工资的合法理由。
具体分析
劳动争议与工资支付的关系：
- 劳动争议可能涉及多个方面，如劳动合同的履行、变更、解除或终止，以及劳动报酬、工作时间、休息休假等。然而，无论争议的具体内容是什么，用人单位都不能以此为由拒绝支付劳动者的工资。
- 如果公司认为与劳动者之间存在劳动争议，应当通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等，而不是单方面停发工资。
公司的合法做法：
- 在劳动争议期间，公司应继续按照劳动合同的约定和国家规定支付工资。如果争议涉及工资支付的具体数额或方式，公司可以与劳动者协商确定临时支付方案，或者按照原工资支付方式继续支付，待争议解决后再进行结算。
- 如果公司确实存在经济困难或其他特殊情况，需要暂时停发或减发工资，应当与劳动者协商一致，并签订书面协议。同时，公司应当尽快解决经济困难或特殊情况，恢复工资的正常支付。
劳动者的权益保护：
- 如果公司以劳动争议为由不发工资，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能产生的经济补偿金。
- 劳动者在投诉或申请仲裁时，应提供相关证据证明公司存在拖欠工资的行为，如工资条、银行转账记录、劳动合同等。
法律建议
与公司协商：
- 首先，你可以尝试与公司进行协商，了解公司不发工资的具体原因，并要求公司按照劳动合同的约定和国家规定支付工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门将依法进行调查处理，并要求公司支付拖欠的工资。
申请劳动仲裁：
- 你也可以直接向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能产生的经济补偿金。劳动仲裁机构将依法进行裁决，并保障你的合法权益。
可能的法律后果
如果公司被认定存在拖欠工资的行为，将可能面临以下法律后果：
- 支付拖欠的工资及经济补偿金：公司需要支付拖欠的工资，并可能需要根据劳动者的要求支付经济补偿金。
- 行政处罚：劳动监察部门可以对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
- 信用记录受损：公司的违法行为可能会被记录在信用系统中，影响公司的信用评级和声誉。
综上所述，公司以有劳动争议为由不发工资是不合法的。如果你遇到这种情况，建议及时与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。