公司以仲裁为由不发工资是违法的，员工有权依法维护自身合法权益，公司不能以任何理由拖欠工资。下面我从不同角度为你详细分析这一问题，并提供相应的解决建议：
一、公司行为的违法性分析
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。员工申请仲裁是依法行使自己的权利，旨在解决劳动争议，公司不能因此拒绝支付员工应得的工资。这种行为不仅违反了劳动法的规定，也损害了员工的合法权益。
二、员工可采取的措施
与公司沟通协商
- 你可以尝试与公司负责人进行友好沟通，明确指出公司拒发工资的违法行为，并要求及时支付工资。
- 在沟通过程中，建议保留相关记录，如聊天记录、通话录音等，作为后续可能的证据使用。
向劳动仲裁委员会提起或继续推进仲裁申请
- 如果公司拒绝协商或协商无果，你可以向当地劳动仲裁委员会提起或继续推进仲裁申请。
- 在仲裁申请中，你不仅要追讨欠薪，还可以根据公司拖欠工资的实际情况，要求支付经济补偿金。
- 准备充分的证据材料，如工作合同、工资条、出勤记录等，以证明劳动关系及拖欠工资的事实。
向劳动监察部门投诉
- 同时或单独向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。
- 劳动监察部门将对公司进行调查，并可能采取强制措施，如责令改正、罚款等，以保障你的权益。
法律诉讼与强制执行
- 如果仲裁裁决生效后公司仍拒不支付工资，你可以向人民法院提起诉讼。
- 在获得法院判决后，如公司仍不履行支付义务，你可以申请法院强制执行，包括查询、冻结、划拨公司银行存款，查封、扣押、拍卖公司财产等措施。
三、特殊情况下的工资支付
- 如果仲裁涉及工资争议本身：比如你主张公司拖欠工资，公司在仲裁结果出来之前不能以存在争议为由停止发放无争议部分的工资。对于存在争议的部分，需等待仲裁机构的裁决结果，并按照裁决要求执行。
- 如果因公司原因导致你无法正常劳动：如公司单方面停止你工作、违法辞退你等，责任在于公司，公司通常仍需按照相关规定支付工资或基本生活费。
四、注意事项与建议
- 在整个过程中，你应保持冷静和理智，避免采取过激行为。
- 保留所有与劳动争议相关的证据材料，以便在需要时提供证明。
- 如果对法律程序不熟悉或遇到复杂情况，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律支持。
综上所述，公司因员工申请仲裁而不发工资是违法的，你可以通过沟通协商、仲裁申请、劳动监察投诉以及法律诉讼等途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，保持冷静、理智，并寻求专业法律支持是至关重要的。