结论：工资结清后，员工仍然有可能申请劳动仲裁，这主要取决于是否存在其他劳动争议事项。
分析说明：
存在加班工资等未足额支付问题：
- 即便基本工资已经结清，但如果用人单位未按照法律规定支付加班工资，劳动者仍有权申请劳动仲裁，要求支付加班工资差额。例如，若员工在休息日或法定节假日加班，但未获得相应的加班工资，即使基本工资已结清，员工也可以就加班工资部分申请仲裁。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定，用人单位安排劳动者延长工作时间、休息日或法定休假日工作的，需支付相应的加班工资报酬。
用人单位存在违法解除劳动关系情形：
- 如用人单位无故辞退或以不合理理由解除劳动合同，劳动者可申请仲裁要求支付赔偿金。即使工资已结清，但违法解除劳动关系的赔偿金是另一项独立的权益，劳动者仍有权主张。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条规定，用人单位违反本法规定解除或终止劳动合同的，需按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
未依法缴纳社会保险等福利问题：
- 用人单位有义务为劳动者缴纳社会保险，若未依法缴纳，劳动者可申请仲裁要求补缴。社会保险是劳动者的合法权益，不受工资是否结清的影响。
- 法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第五十八条规定，用人单位应自用工之日起三十日内为职工办理社会保险登记。
未签订劳动合同：
- 若用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者签订书面劳动合同，劳动者可申请仲裁要求支付双倍工资。这是基于劳动合同法的规定，与工资是否结清无关。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条规定了用人单位未与劳动者订立书面劳动合同的法律责任。
申请仲裁的时效与注意事项：
- 时效期间：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。对于劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受时效期间的限制，但劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
- 注意事项：
- 准备证据：申请仲裁时，劳动者需准备相关证据材料，如劳动合同、工资单、加班记录、解除劳动关系通知等，以支持自己的仲裁请求。
- 提交申请：向当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委提交仲裁申请，并填写仲裁申请书和提供相关证据。
- 等待处理：仲裁委将在规定时间内立案，并安排开庭审理。劳动者需如实陈述主张和理由，并提供证据进行证明。
不可申请仲裁的情况：
若工资已经结清，且不存在其他劳动争议事项，如未支付加班工资、违法解除劳动关系、未缴纳社会保险等违法行为，劳动者单纯以工资已经结清为由申请仲裁，一般不会得到仲裁机构的支持。
行动建议：
- 如果您作为员工，认为用人单位存在上述或其他违法行为，即使工资已经结清，您仍然有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 在申请仲裁前，建议您先收集相关证据，并了解相关法律法规，以便更好地维护自己的权益。
- 如果您作为用人单位，已经结清了工资但担心员工可能申请仲裁，建议您检查自身是否存在其他违法行为，并及时纠正，以避免不必要的法律纠纷。
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