员工工资结清了并离职了，仍然可以申请劳动仲裁。具体情况如下：
存在其他劳动争议：
- 如果除了工资之外，还涉及未休年假补偿、加班费、经济补偿或赔偿金等其他劳动权益问题，即便工资已结清，劳动者仍可就这些争议申请劳动仲裁。例如，用人单位未依法支付年假工资或加班费，即使工资整体结清，劳动者仍能就这些部分申请仲裁。
工资结清存在争议：
- 若劳动者认为工资结清的金额有误，或者存在克扣、拖欠工资的情况，即便表面上看起来工资已结清，也可以申请仲裁来维护自身合法权益。比如，用人单位少算了加班时长对应的工资，或者未支付某些奖金、津贴等，劳动者有权通过仲裁要求重新核算。
被迫离职相关：
- 因用人单位存在违法情形，如未依法缴纳社保、未提供劳动保护或劳动条件等导致劳动者被迫离职，即使工资结清，劳动者仍可申请仲裁要求用人单位支付经济补偿。
在申请仲裁时，劳动者需准备好相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录、离职证明等，以支持自己的主张。同时，要注意劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，离职后的劳动者在规定的时效内，若权益受损，有权申请劳动仲裁来维护自身权益。