结论前置：员工在同意解除劳动关系并结清工资后，若认为用人单位存在违法情形，如少发、克扣工资，未足额缴纳社保等，仍可在劳动关系终止之日起一年内申请劳动仲裁。

详细分析：

1. 工资结清后的仲裁权利：

   • 工资结清并不意味着劳动者就丧失了申请劳动仲裁的权利。如果劳动者认为用人单位在结清工资过程中存在违法情形，如少发、克扣工资，或者未按照合同标准支付工资，以及涉及加班工资未付、社保未足额缴纳等工资相关权益问题，劳动者都有权在劳动关系终止之日起一年内申请劳动仲裁。

2. 可申请仲裁的情形：

   • 具体来说，如果劳动者发现用人单位在结清工资时存在以下情形之一，都可以申请劳动仲裁：
     • 少发或克扣工资：用人单位未按照劳动合同约定的标准支付工资，或者无故扣减工资。
     • 未足额缴纳社保：用人单位未按照法律规定为劳动者缴纳社会保险费，或者缴纳的社保费用不足。
     • 加班工资未付：用人单位未按照法律规定支付劳动者的加班工资。
     • 其他工资相关权益问题：如未支付经济补偿金、赔偿金等。

3. 仲裁时效与证据收集：

   • 劳动者在申请劳动仲裁时，需要注意仲裁时效的问题。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
   • 同时，劳动者在申请劳动仲裁时，需要收集相关证据来支持自己的主张。这些证据可以包括工资条、考勤记录、劳动合同、社保缴纳记录等。仲裁委将依据事实和法律对该案件作出公正裁决。

4. 实际案例参考：

   • 以小许为例，他在某公司工作结束后，公司与他结清了工资。然而，小许认为公司少发了加班工资，且缴纳社保未达到足额标准。尽管工资已结清，小许仍决定申请劳动仲裁，要求公司补足加班工资差额并补缴足额社保。最终，仲裁委将依据事实和法律对该案件作出公正裁决。

建议与提醒：

• 如果您作为劳动者，在同意解除劳动关系并结清工资后，发现用人单位存在上述违法情形，建议您及时收集相关证据，并在劳动关系终止之日起一年内申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 如果您对劳动仲裁流程或相关法律问题有疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。