结论前置：被公司违法辞退后，即使工资已经结清，您仍然有权向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，因除名、辞退和辞职、离职发生的争议明确属于劳动争议仲裁的受案范围。这意味着，当您认为公司的辞退行为存在违法或不当之处时，您完全有权通过劳动仲裁这一法定途径来寻求法律救济。
二、可申请仲裁的具体情形
违法解除劳动合同：
- 如果公司无正当理由或违反《劳动合同法》规定辞退您，如女职工在孕期、产期、哺乳期被违法辞退，您有权要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。赔偿标准通常按工作年限每满一年支付两个月工资。
- 实例说明：假设您在公司工作了5年，且没有出现《劳动合同法》第三十九条规定的可解雇情形，公司却以“业绩不达标”等模糊理由辞退您，且未支付任何赔偿金。这种情况下，您完全有权申请劳动仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
未支付经济补偿：
- 当公司因符合法律规定的情形辞退您，但未按规定支付经济补偿时，您也可以通过仲裁主张经济补偿。补偿标准按您在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资。
- 实例说明：如果公司因经营不善进行经济性裁员，但未按法律规定支付您经济补偿金，您同样可以申请劳动仲裁要求支付。
三、申请劳动仲裁的流程
提交仲裁申请书：
- 您需要向有管辖权的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书，其中应写明双方的基本信息、仲裁请求、事实与理由等内容。
受理与审理：
- 仲裁委员会受理后，会按照法定程序安排开庭审理。在审理过程中，双方将进行举证、质证和辩论等环节。
作出裁决：
- 最终，仲裁委员会将根据查明的事实作出裁决，该裁决具有法律效力。如果仲裁委认定公司确实是违法辞退，且您要求支付赔偿金，仲裁委将裁决公司向您支付相应的赔偿金。
四、申请劳动仲裁前的准备工作
在提起劳动仲裁前，您需要准备一系列证据来证明劳动关系的存在以及公司违法辞退的事实。这些证据包括但不限于：
- 劳动合同：这是证明劳动关系存在的最直接证据。
- 工资条、工作证、考勤记录：这些证据可以进一步佐证劳动关系的实际履行情况。
- 辞退通知书：这是公司违法辞退的直接证据，应妥善保存。
- 聊天记录、录音录像：在某些情况下，这些证据可能用于证明公司的辞退行为存在不当或违法之处。
五、注意事项与后续法律途径
- 时效要求：您需要在公司辞退后一年内向劳动仲裁机构提出申请，仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 证据充分性：提供的证据必须充分、真实，以支持自己的主张。
- 后续诉讼：若对仲裁结果不满意，您还有权在法定期限内向人民法院提起诉讼，进一步通过法律手段维护自己的权益。
综上所述，即使工资已经结清，被公司违法辞退后您仍然有权申请劳动仲裁。在申请过程中，请务必遵守相关法律法规和仲裁机构的规定，以确保自己的权益得到有效维护。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。