结论：在您申请仲裁后，公司结清了工资但不认可赔偿的情况下，您仍有权继续主张您的赔偿请求，并可以通过法律途径来维护自己的合法权益。

分析说明：

1. 仲裁申请的效力：

   • 您已经向劳动仲裁机构提出了仲裁申请，这表示您已经启动了法律程序来维护自己的权益。仲裁机构会受理您的申请，并安排开庭审理。

2. 公司结清工资的影响：

   • 公司结清工资并不等同于认可了您的全部赔偿请求。工资是您应得的劳动报酬，而赔偿请求可能涉及加班费、经济补偿金、未签劳动合同的双倍工资等多个方面。
   • 公司结清工资可能只是履行了其部分义务，但并不影响您继续主张其他赔偿请求。

3. 不认可赔偿的处理方式：

   • 如果公司不认可您的赔偿请求，您可以在仲裁庭审中提供证据来支持您的主张。这包括但不限于劳动合同、工资条、加班记录、公司规章制度等。
   • 仲裁机构会根据双方提供的证据和法律规定来作出裁决。如果裁决支持您的赔偿请求，公司需要履行裁决义务；如果公司不履行，您可以向法院申请强制执行。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司不认可仲裁裁决并拒绝履行，您有权向法院提起诉讼，要求法院确认仲裁裁决的效力并强制公司履行。
   • 在诉讼过程中，您需要继续提供证据来支持您的主张，并接受法院的审理和判决。

行动建议：

1. 准备证据：

   • 收集并整理所有与赔偿请求相关的证据，包括劳动合同、工资条、加班记录、公司规章制度等。
   • 确保这些证据的真实性和完整性，以便在仲裁或诉讼过程中使用。

2. 继续参与仲裁程序：

   • 按照仲裁机构的要求参加庭审，并积极陈述自己的主张和提供证据。
   • 尊重仲裁机构的裁决，如果公司不履行裁决义务，及时向法院申请强制执行。

3. 考虑法律途径：

   • 如果仲裁裁决未能满足您的赔偿请求，或者公司拒绝履行裁决义务，您可以考虑向法院提起诉讼。
   • 在诉讼过程中，您可以寻求专业律师的帮助来更好地维护自己的权益。

特殊场景提醒：

• 如果在仲裁或诉讼过程中，公司提出反诉或提出新的抗辩理由，您需要针对这些新情况及时调整自己的策略和证据准备。
• 保持与仲裁机构或法院的沟通畅通，及时了解案件进展和下一步行动要求。

后续思考依据：

• 您可以根据仲裁机构或法院的裁决结果来评估自己的赔偿请求是否得到满足，并决定是否需要进一步采取法律行动。
• 如果您对裁决结果有异议，可以在法定期限内向上一级仲裁机构或法院申请复议或上诉。

在整个过程中，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和支持。