即使劳动者签字确认工资结清，但在发现实际上并未结清后，仍然可以申请劳动仲裁。以下是详细的分析和说明：

1. 申请仲裁的可能性：

   • 尽管劳动者已经签字确认工资结清，但如果协议签订过程中存在欺诈、胁迫、重大误解或条款不公平等情况，该协议可能会被认定为无效或可撤销。在此种情况下，劳动者有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 如果用人单位在协议签订后未能如约履行支付义务，劳动者同样享有申请劳动仲裁的权利。

2. 申请仲裁的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，劳动者有权要求用人单位按照约定支付工资。如果用人单位未履行支付义务，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 在仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据来证明用人单位未足额支付工资的事实，如工资单、银行流水、劳动合同等。

3. 申请仲裁的注意事项：

   • 劳动者应在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内申请仲裁，以避免超过仲裁时效。
   • 在申请仲裁前，劳动者应尽可能收集并整理好相关证据，以确保仲裁请求得到支持。
   • 劳动者可以向当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委提交仲裁申请，并按照要求填写仲裁申请书和提供相关证据。

4. 不可申请仲裁的情况：

   • 如果工资已经结清，且不存在其他劳动争议事项（如未支付加班工资、违法解除劳动关系、未缴纳社会保险等），劳动者单纯以工资已经结清为由申请仲裁，一般不会得到仲裁机构的支持。

综上所述，劳动者在发现工资未结清后，即使已经签字确认工资结清，仍然有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请仲裁时，劳动者应了解相关法律法规，准备充分证据，并按照程序要求提交申请和参与审理过程。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。