工资已结清的情况下，劳动者依然有权申请劳动仲裁，只要存在除工资支付外的其他劳动争议，且符合《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的受理范围。以下从不同角度为您详细分析：
一、劳动仲裁的受理范围
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，劳动仲裁的受理范围广泛，包括但不限于因确认劳动关系、劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护、劳动报酬等发生的争议。这意味着，即便工资已经结清，但只要存在上述范围内的其他争议，劳动者都有权申请劳动仲裁。
二、工资结清后仍可申请劳动仲裁的具体情形
社会保险争议：
- 即便工资结清，若用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费（如养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险），劳动者仍有权申请劳动仲裁，要求用人单位补缴社保费用，以保障自己的社保权益。例如，劳动者发现用人单位未为其缴纳某段时间的养老保险，即便工资已结清，仍可就此申请劳动仲裁。
劳动合同解除争议：
- 若用人单位没有法定理由或未按照法定程序解除与劳动者的劳动合同，如无故辞退员工，即使工资已结清，劳动者也可申请劳动仲裁，要求用人单位承担违法解除劳动合同的法律责任。比如，用人单位未提前通知劳动者即解除劳动合同，劳动者可就此申请仲裁。
加班工资及其他劳动报酬争议：
- 对于加班事实的认定、加班工资的计算基数及支付标准等存在的争议，以及用人单位拖欠劳动者的提成、奖金、高温补贴、竞业限制补偿金等其他劳动报酬相关费用，劳动者在工资结清后仍有权申请劳动仲裁。例如，劳动者认为用人单位计算的加班工资有误，可申请仲裁要求重新核算。
劳动保护与条件争议：
- 若用人单位未按劳动合同约定提供必要的劳动保护或劳动条件，对劳动者的工作安全和健康构成威胁，劳动者同样可以申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。比如，用人单位未提供必要的劳动防护用品，劳动者可就此申请仲裁。
未休年假补偿争议：
- 劳动者应休未休年假，且用人单位未按照法律规定支付相应的年假工资报酬，劳动者在工资结清后也有权申请劳动仲裁。例如，劳动者未休年假，但用人单位未支付年假工资，劳动者可申请仲裁要求支付。
三、申请劳动仲裁的注意事项
准备充分证据：
- 申请劳动仲裁时，劳动者应准备好所有相关证据，如劳动合同、工作记录、考勤记录、工资单、解除合同通知等，以有力支持自己的仲裁请求。证据是仲裁成功的关键，劳动者应尽可能收集并保存好相关证据。
注意仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年。劳动者应在知道或应当知道自己权利被侵害之日起一年内及时申请劳动仲裁，以免错过时效期间。例如，劳动者在发现用人单位未缴纳社保后，应在一年内申请仲裁，否则可能丧失胜诉权。
四、总结与建议
工资结清后并非不能申请劳动仲裁。只要用人单位存在违反劳动法律法规的行为，且劳动者的仲裁请求符合劳动仲裁的受理范围，劳动者就有权通过申请劳动仲裁来维护自身的合法权益。因此，如果您面临上述任何一种情形，且认为自己的权益受到了侵害，不妨积极准备证据，及时申请劳动仲裁。
在申请劳动仲裁前，建议您先与用人单位进行协商，尝试通过友好方式解决争议。如果协商无果，再考虑申请劳动仲裁。同时，如果您对劳动仲裁流程或相关法律法规不熟悉，也可以随时向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。