被法院判决撤销的行政行为和行政依据，通常意味着行政部门在作出该行政行为时存在违法情形，但并不一定直接等同于行政部门整体违法，需结合具体情况分析。以下从不同角度进行详细阐述：
一、法院判决撤销行政行为的法律依据与情形
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条的规定，行政行为存在以下情形之一的，人民法院将判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：
- 主要证据不足：行政机关作出的行政行为必须基于充分的事实依据，若缺乏关键证据支持，则该行政行为将被视为缺乏合法性基础。
- 适用法律、法规错误：行政机关在作出行政行为时，必须正确适用相关的法律、法规。适用了错误的法律条款或对法律的理解和解释错误，都将导致行政行为的违法性。
- 违反法定程序：法定程序是行政行为合法性的重要保障。行政机关必须按照法律规定的步骤、方式和时限作出行政行为，否则将影响行政行为的合法性。例如，未告知当事人陈述申辩权就作出处罚决定，就属于程序违法。
- 超越职权：行政机关的职权由法律明确规定，不得超越其职权范围作出行政行为。任何超越职权的行为都是违法的。
- 滥用职权：行政机关在行使职权时必须出于合法、正当的目的，不得滥用权力。滥用职权通常表现为故意违背法律的目的和原则，不考虑公共利益和当事人的合法权益。
- 明显不当：主要针对行政机关的自由裁量行为。即使行政行为在法律规定的范围内，但如果明显不合理、不公正，也会被认定为违法。
二、法院判决撤销行政行为与行政部门违法的关系
行政行为违法不等于行政部门整体违法：
- 法院判决撤销行政行为，通常是因为该行政行为在作出过程中存在上述违法情形之一。但这并不意味着行政部门整体违法，而只是针对该具体行政行为而言。
- 行政部门可能由于个别工作人员的失误、对法律理解的不准确或程序上的疏忽等原因，导致某个行政行为违法，但这并不代表整个行政部门的运作都存在问题。
行政部门可能因行政行为违法而承担法律责任：
- 如果行政行为的撤销给行政相对人合法权益造成损害，行政机关应依法承担赔偿责任。
- 同时，行政机关的违法行政行为也可能受到上级行政机关或监察机关的监督和问责，相关责任人员可能面临行政处分或法律责任。
三、行政行为的撤销对行政部门的影响
- 行政行为自始无效：被撤销的行政行为视为自作出之日起不具有法律效力，行政相对人不再受该行政行为的约束。已执行的部分可能需依法返还或恢复原状。
- 重新作出行政行为：法院判决撤销行政行为时，可根据案件具体情况判决被告重新作出行政行为。但重新作出的行政行为必须符合法律规定和程序要求，且不得以同一事实和理由作出与原行政行为基本相同的行政行为（除非原行政行为因违反法定程序被撤销，且重新作出的行政行为是基于新的事实和理由）。
- 提升依法行政水平：行政行为的撤销对行政部门而言是一种警示和督促，促使其在今后的执法过程中严格遵守法定程序，提高依法行政的水平。
四、建议与措施
- 加强法律培训：行政部门应加强对工作人员的法律培训，提高其对法律、法规的理解和适用能力，减少因法律理解错误而导致的行政行为违法。
- 完善内部监督机制：行政部门应建立健全内部监督机制，对行政行为的作出过程进行严格审查和监督，确保行政行为的合法性和合理性。
- 积极应对诉讼：如果行政部门因行政行为违法而被提起行政诉讼，应积极应对诉讼，配合法院的审理工作，并主动纠正违法行政行为，以减少损失和负面影响。
总结来说，被法院判决撤销的行政行为和行政依据，通常意味着行政部门在作出该行政行为时存在违法情形。但这并不直接等同于行政部门整体违法，而只是针对该具体行政行为而言。行政部门应从中吸取教训，加强法律培训和完善内部监督机制，以提高依法行政的水平。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。