结论：公司第二个月底才发工资是否合法，主要取决于劳动合同中的约定以及是否符合相关法律法规的要求。具体来说：

1. 符合法律规定的情形：

   • 如果劳动合同中明确约定了“第二个月底发工资”，并且这一约定不违反《工资支付暂行规定》中“工资至少每月支付一次”的要求，同时也没有损害劳动者的合法权益，那么这种支付方式就是合法的。例如，某些企业因财务核算、工资计算流程复杂，与员工协商一致后，约定在第二个月底发放上一个月的工资，这种情况是合法的。

2. 不符合法律规定的情形：

   • 如果劳动合同中约定的是每月支付工资，但公司却擅自将支付时间改为第二个月底，这违反了双方的约定，也违反了《工资支付暂行规定》中关于按时支付工资的要求。此时，劳动者有权要求公司按照合同约定的日期支付工资，并可以采取多种措施维护自身权益，包括与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。
   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，如果公司未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬，劳动行政部门有权责令其限期支付；逾期不支付的，公司还需按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。

3. 特殊情况下的考量：

   • 即使劳动合同中有关于“第二个月底发工资”的约定，如果该约定显然不公平或不合理，如过分延长了工资支付周期，损害了劳动者的合法权益，劳动者仍有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
   • 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查工资支付条款，确保自己的权益得到有效保障。如果发现约定不合理或存在潜在风险，应及时提出并与公司进行协商。

法律背景与建议：

• 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。同时，《工资支付暂行规定》也明确要求工资至少每月支付一次，并在用人单位与劳动者约定的日期支付。
• 建议：如果你发现公司存在第二个月底才发工资的情况，首先应查看劳动合同中的相关约定。如果约定合法且你对此无异议，那么可以接受这种支付方式。但如果约定违法或你对此有异议，建议与公司进行协商，要求按照合同约定的日期支付工资。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司违反法律法规或劳动合同约定，擅自延长工资支付周期，可能面临劳动行政部门的处罚，包括责令限期支付工资和加付赔偿金等。
• 作为劳动者，如果你因公司拖欠工资而遭受经济损失或生活困难，还可以依法要求公司承担相应的赔偿责任。

总之，公司第二个月底才发工资是否合法，取决于具体的约定和法律法规的要求。如果你对此有疑问或发现公司存在违法行为，请及时向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。