结论：工资第二个月发放上月工资是否合法，主要取决于用人单位与劳动者之间的约定以及是否符合相关法律法规的要求。在大多数情况下，如果双方有明确约定且该约定不违反法律法规，这种支付方式是合法的。
详细分析：
法律法规的支撑：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或无故拖欠。这里的“按月支付”并未明确规定具体的支付日期，为用人单位提供了一定的灵活性。
- 《工资支付暂行规定》第七条也明确指出，工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付，且至少每月支付一次。这进一步强调了双方约定的重要性，只要双方有明确的约定，并且该约定不违反“工资至少每月支付一次”的法律规定，就是合法的。
双方约定的考量：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了工资发放时间为次月发放上月工资，这种约定具有法律效力，双方应遵守。例如，某些企业因财务核算、工资计算流程复杂，与员工协商一致后，约定在第二个月底发放上一个月的工资，这种情况是合法的。
- 然而，如果双方约定的是每月支付工资，但用人单位却擅自将支付时间改为第二个月底，这违反了双方的约定，也违反了《工资支付暂行规定》中关于按时支付工资的要求。
行业惯例与合理性：
- 在实际操作中，本月发上月工资已成为许多行业的普遍做法，被广大劳动者所接受和认可。企业需要时间来核算员工的考勤、绩效、加班等情况，并进行资金筹备和安排。本月发放上月工资为企业提供了必要的时间缓冲，确保了工资的准确发放。
- 只要用人单位能够按照约定或合理的时间间隔发放工资，且不存在无故拖欠或克扣的情况，就符合法律法规的要求。但如果过分延长了工资支付周期，损害了劳动者的合法权益，则可能构成违法。
特殊情况下的处理：
- 在不可抗力等特殊情况下，如果用人单位与劳动者协商并取得谅解后，在合理期限内发放工资，可视为合法行为。
- 如果用人单位存在拖欠或克扣工资的行为，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉，并要求用人单位支付拖欠的工资及相应的经济补偿。
建议：
- 劳动者：在签订劳动合同时，应仔细审查工资支付条款，确保自己的权益得到有效保障。如果发现约定不合理或存在潜在风险，应及时提出并与用人单位进行协商。如遇工资支付纠纷，应首先尝试与用人单位协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 用人单位：应严格遵守相关法律法规，与劳动者明确约定工资支付的时间、方式和标准。如需变更支付时间，应与劳动者协商一致并签订书面协议，避免产生不必要的法律纠纷。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定》第七条：工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
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