结论：工程结束后不给结算单但付款了，在财务上是否合规，需分情况讨论。一般来说，仅付款而不提供结算单，在财务流程上存在瑕疵，可能不符合规范要求。以下从不同角度详细分析：
一、从财务合规性角度分析
财务流程要求：
- 在正常的财务流程中，工程结束后，承包方应向发包方提交结算单，明确列出已完成的工作量、应支付的款项等详细信息。
- 发包方在收到结算单后，应进行审核，确认无误后按照合同约定支付款项。
- 仅付款而不提供结算单，可能使得财务记录缺乏必要的依据，导致财务流程不完整，存在合规风险。
审计与税务要求：
- 审计部门在审计时，会要求查看完整的财务记录，包括结算单等原始凭证。
- 税务部门在征税时，也可能需要依据结算单等凭证来确定应纳税额。
- 缺乏结算单可能导致审计和税务方面的问题，增加企业的合规风险。
二、从合同法律关系角度分析
合同义务：
- 根据建设工程合同的约定，承包方有义务提交结算单，发包方有义务在审核后支付款项。
- 仅付款而不要求提供结算单，可能视为发包方放弃了要求承包方履行合同义务的权利，但这并不改变合同本身的约定和双方的法律责任。
法律风险：
- 如果未来因工程款支付问题产生纠纷，缺乏结算单可能使得发包方在证明已支付款项方面面临困难。
- 承包方也可能以未收到结算单为由，主张发包方未履行支付义务，从而引发法律纠纷。
三、建议与措施
完善财务流程：
- 发包方应要求承包方在工程结束后提交结算单，并作为支付款项的必要条件。
- 财务部门在收到结算单后，应进行仔细审核，确保款项支付的准确性和合规性。
保留证据：
- 双方应妥善保管结算单等原始凭证，以备未来审计、税务或法律纠纷之需。
- 在支付款项时，应注明支付的具体项目和金额，与结算单相对应。
法律咨询：
- 如果对财务合规性或合同法律关系方面存在疑问，建议及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和指导。
总结来说，工程结束后不给结算单但付款了，在财务上可能不符合规范要求，存在合规风险。为了降低风险，双方应完善财务流程，保留证据，并在必要时咨询专业律师。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。