针对您提出的“工程结束了甲方已经在使用了不给结算单怎么办”的问题，以下是我从多个角度为您提供的详细分析和建议：
一、初步应对措施：友好协商与沟通
直接与甲方沟通：
- 首先，以平和、理性的态度与甲方进行面对面或书面沟通，明确指出工程已经按照合同约定完成，并且甲方已经在使用，因此要求甲方按照合同约定进行结算。
- 在沟通过程中，可以强调拖延结算可能带来的不利影响，如损害双方合作关系、增加额外成本等，以促使甲方认识到结算的紧迫性。
寻求第三方调解：
- 如果直接沟通效果不佳，可以考虑寻求行业协会、专业调解机构或双方都信任的中间人的帮助，进行调解。
- 第三方调解机构或中间人凭借其专业知识和影响力，可能更有效地促成双方和解，达成结算协议。
二、证据保留与收集
整理工程相关文件：
- 收集并整理所有与工程相关的文件，包括但不限于施工合同、工程变更通知、施工图纸、施工日志、验收报告等。
- 这些文件是证明工程完成情况、质量及结算依据的关键证据，务必妥善保管。
保存往来函件和沟通记录：
- 保留与甲方之间的所有书面沟通记录，如函件、电子邮件、短信、会议纪要等。
- 这些记录能够证明双方的协商过程和甲方的认可情况，对于后续的法律诉讼或仲裁具有重要作用。
三、法律途径
发送催款函或律师函：
- 如果协商和调解均无果，可以考虑委托律师起草并发送正式的催款函或律师函给甲方。
- 在函中明确指出甲方的违约行为及可能面临的法律后果，如支付逾期利息、承担违约责任等，以增强警示效果。
申请仲裁或提起诉讼：
- 仲裁：如果施工合同中约定了仲裁条款，可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁具有专业性、高效性和保密性，裁决具有终局性。
- 诉讼：如果没有仲裁条款，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要遵循法律程序，提供充分的证据支持自己的主张。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，您有权要求甲方按照合同约定进行结算，并承担因拖延结算而产生的违约责任。
四、综合建议
- 在整个过程中，保持冷静和理性，避免采取过激行为，以免损害自己的合法权益。
- 充分利用法律武器保护自己的合法权益，但同时也要考虑成本和效率，选择最适合自己的解决方式。
- 如果可能的话，寻求专业律师的全程指导和帮助，以确保法律策略的有效实施。律师可以协助您整理证据、起草法律文书、参与调解或仲裁/诉讼等，为您的权益保驾护航。
综上所述，面对甲方在工程结束后已经在使用却不给结算单的情况，您可以通过友好协商、寻求第三方调解、保留和收集证据以及采取法律途径等多种方式来维护自己的合法权益。希望这些建议能够对您有所帮助。如果您有任何进一步的法律问题或需要更详细的指导，请随时向我咨询。