结论：根据我国现行法律规定，劳动合同中约定每日工作12小时、工资250元的情况下，加班费的计算需分步骤进行，且该约定可能因违反法定工时制度而部分无效。具体分析如下：
一、法定工时制度与加班认定
根据《劳动法》第三十六条、第三十八条及第四十一条规定：
- 标准工时制：劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周不超过44小时（实践中多按40小时执行）；
- 加班限制：
- 每日延长工作时间不超过1小时（特殊情况不超过3小时，每月不超过36小时）；
- 每日工作12小时明显超出法定标准，其中8小时为正常工作时间，4小时为加班时间（需区分工作日、休息日或法定节假日加班）。
二、加班费计算标准
根据《劳动法》第四十四条及《工资支付暂行规定》第十三条，加班费计算基数原则上为劳动者正常工作时间工资（即劳动合同约定的日工资中对应8小时的部分）。若250元为每日固定工资，需按比例拆分：
正常工作时间工资：
- 假设月计薪天数为21.75天（依据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》），则每小时工资 = 250元 ÷ 12小时 ≈ 20.83元/小时；
- 8小时正常工资 = 20.83元/小时 × 8小时 ≈ 166.67元/日；
- 剩余83.33元（250-166.67）可视为已包含部分加班费，但需进一步验证是否符合法定标准。
加班费补足计算：
- 工作日加班（如周一至周五）：每小时加班费 = 166.67元 ÷ 8小时 × 150% ≈ 31.25元/小时；
- 4小时加班费 = 31.25元/小时 × 4小时 = 125元；
- 当日应得工资 = 166.67元（正常） + 125元（加班） = 291.67元；
- 用人单位已支付250元，需补足41.67元。
- 休息日加班（如周六、日）：每小时加班费 = 166.67元 ÷ 8小时 × 200% ≈ 41.67元/小时；
- 4小时加班费 = 41.67元/小时 × 4小时 = 166.67元；
- 当日应得工资 = 166.67元（正常） + 166.67元（加班） = 333.34元；
- 用人单位已支付250元，需补足83.34元。
- 法定节假日加班：每小时加班费 = 166.67元 ÷ 8小时 × 300% ≈ 62.5元/小时；
- 4小时加班费 = 62.5元/小时 × 4小时 = 250元；
- 当日应得工资 = 166.67元（正常） + 250元（加班） = 416.67元；
- 用人单位已支付250元，需补足166.67元。
三、合同条款效力与风险
部分无效风险：
- 劳动合同中“每日工作12小时”的约定因违反《劳动法》第三十六条关于工时的强制性规定，可能被认定为无效；
- 但“工资250元”的约定本身不必然无效，需结合加班费补足情况判断是否低于当地最低工资标准。
用人单位责任：
- 需按实际加班情况补足加班费差额；
- 若长期超时加班，可能面临劳动行政部门警告、罚款等行政责任（《劳动保障监察条例》第二十五条）。
四、实务建议
劳动者：
- 保留考勤记录、工资条等证据；
- 可向用人单位主张补足加班费差额，或向劳动监察部门投诉；
- 若因超时加班导致健康损害，可同时主张赔偿。
用人单位：
- 立即调整工时制度，确保符合法定标准；
- 重新核算加班费，避免法律风险；
- 考虑通过综合计算工时制或不定时工作制（需经劳动行政部门审批）合法安排加班。
提示：具体计算需结合当地最低工资标准、劳动合同其他条款（如是否约定加班费基数）及实际加班情况综合判断。如有争议，建议提供完整材料进一步分析。