针对您提出的“病休3年的员工解除劳动合同怎样补偿”的问题，这确实是一个涉及劳动法规定和具体操作细节的复杂问题。以下是我根据相关法律法规，为您提供的详细解答：
一、核心原则
首先，需要明确的是，员工在病休期间，特别是处于规定的医疗期内时，用人单位解除劳动合同是受到严格限制的。若用人单位违法解除，将面临支付高额赔偿金的风险。对于病休3年的员工，关键在于判断其是否仍处于医疗期内，以及解除劳动合同的合法性。
二、医疗期的界定
医疗期的具体长度根据员工的工作年限和在本单位的工作年限来确定。一般来说，实际工作年限10年以下的，本单位工作年限5年以下的为3个月，5年以上的为6个月。但病休3年很可能已经超出了常规的医疗期，此时需要具体查看当地的实施细则或相关规定，以确定该员工是否仍处于医疗期内。
三、解除劳动合同的合法情形及补偿
医疗期满后不能从事原工作或另行安排的工作：
- 若员工医疗期满，且经劳动能力鉴定不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作，用人单位可以依据《劳动合同法》第四十条解除劳动合同。
- 补偿标准：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿金；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。月工资指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
违法解除劳动合同：
- 若用人单位在医疗期内或未满足法定解除条件时违法解除劳动合同，需支付赔偿金。
- 补偿标准：赔偿金的数额为经济补偿标准的二倍，即按工作年限计算的应得经济补偿金总额的两倍。
协商一致解除劳动合同：
- 若用人单位与劳动者就解除劳动合同达成一致意见，补偿标准按照经济补偿标准支付，即每满一年支付一个月工资；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
劳动者存在法定过错情形：
- 若劳动者存在严重违反用人单位规章制度等法定过错情形，即便在病假期间，用人单位也有权解除劳动合同，且无需支付经济补偿或赔偿金。但用人单位需承担举证责任，证明劳动者的过错行为及规章制度的合理性和有效性。
四、特殊注意事项
医疗补助费：
- 部分地区规定，除经济补偿金外，用人单位还需支付医疗补助费，特别是对于患重病和绝症的员工，医疗补助费的标准会更高。具体标准以地方规定为准。
代通知金：
- 若用人单位未提前三十日书面通知而直接解除合同的，需额外支付一个月工资作为代通知金。
证据留存：
- 用人单位在解除劳动合同前，应确保已履行法定程序，如劳动能力鉴定、调岗协商等，并保存相关证据，如医疗证明、劳动能力鉴定报告等，以避免争议。
五、建议
核实医疗期：
- 首先核实该员工的医疗期是否已满，以及当地是否有关于医疗期的特殊规定。
咨询专业意见：
- 由于劳动法规定复杂且地区差异大，建议用人单位在解除劳动合同前咨询专业律师或劳动法律顾问的意见。
与员工沟通：
- 在解除劳动合同前，与员工进行充分沟通，解释解除的原因和补偿标准，尽量达成一致意见，减少争议。
综上所述，病休3年的员工解除劳动合同的补偿方式需综合考虑解除行为的合法性、劳动者的具体情形以及相关法律法规的规定。希望以上解答能对您有所帮助。如有进一步疑问或需要具体操作指导，请随时咨询。