保密协议里包含竞业限制条款是合法的，但必须遵循相关法律法规的明确规定，确保条款的合法、合理且公平。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：
- 根据该法第二十三条，用人单位与劳动者可以在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款。对负有保密义务的劳动者，在解除或终止劳动合同后的一定期限内（最长不超过二年），限制其从事与原单位有竞争关系的业务，并需按月给予经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
- 竞业限制适用于高级管理人员、高级技术人员及其他负有保密义务的人员，具体范围、地域由双方约定，但不得违反法律法规。
《中华人民共和国反不正当竞争法》的支持：
- 该法第九条规定，禁止违反保密义务披露、使用或允许他人使用商业秘密。劳动者若违反保密协议中的竞业限制，利用原单位商业秘密进行竞争活动，可能构成侵犯商业秘密行为，从反不正当竞争角度为竞业限制提供了法律支撑。
二、保密协议与竞业限制的区别与联系
区别：
- 目的不同：保密协议主要是为了保护用人单位的商业秘密、技术秘密等信息不被泄露；而竞业限制协议则是为了防止劳动者在离职后从事与原用人单位有竞争关系的工作，从而保护原用人单位的竞争优势。
- 适用范围不同：保密义务是所有接触商业秘密的员工都应承担的法定义务，无论是否签订保密协议；而竞业限制只适用于特定的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。
- 法律后果不同：违反保密协议可能承担民事赔偿责任，甚至刑事责任；违反竞业限制协议则需按照约定向用人单位支付违约金。
联系：
- 保密协议是保护商业秘密的基础，而竞业限制则是进一步防止员工利用在职期间掌握的秘密信息为竞争对手服务。两者在实践中常常相互关联，共同构成企业保护商业秘密和核心竞争力的重要手段。
三、实际操作中的注意事项
明确约定适用范围、期限和经济补偿：
- 用人单位在设定竞业限制条款时，应确保条款内容合法、合理，明确约定适用范围、期限、经济补偿及违约责任。竞业限制期限不得超过二年，且用人单位需按月给予劳动者合理的经济补偿。
避免扩大竞业限制人员范围：
- 竞业限制的人员应限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员，不能随意扩大范围。例如，普通行政文员若未接触敏感信息，则无需纳入竞业限制范围。
劳动者应仔细阅读并理解条款内容：
- 劳动者在签署含有竞业限制条款的保密协议时，应仔细阅读并理解条款内容，确保自身权益不受侵害。如有疑问，应及时向用人单位咨询或寻求法律帮助。
遵守相关约定，避免法律责任：
- 劳动者在离职后应遵守竞业限制约定，不得从事与原用人单位有竞争关系的工作或业务。否则，可能需承担支付违约金等法律责任。
四、建议做法
虽然保密协议中可以约定竞业限制相关内容，但为了更加稳妥和清晰，建议用人单位在与关键员工签订保密协议的同时，另行签订专门的竞业限制协议。这样做的好处是可以更详细地规定竞业限制的具体条款，避免因保密协议中的竞业限制条款不够明确或不符合法律规定而引发的法律纠纷。
综上所述，保密协议中包含竞业限制条款具有明确的法律依据，是保护用人单位商业秘密和知识产权的有效手段。但双方在约定和执行过程中均需严格遵守法律法规，确保条款的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。