结论前置：针对您劳动合同丢失但已实际工作三个月，老板却拒绝发放工资的情况，您可以通过收集其他证据证明劳动关系存在，并依法向老板主张工资支付，必要时可申请劳动仲裁或提起诉讼。
详细分析：
证明劳动关系存在：
- 尽管劳动合同丢失，但您可以通过其他方式证明与公司之间存在劳动关系。例如，您可以收集工作证、工作服、考勤记录、工资条（如有）、同事证言、工作邮件、微信聊天记录等证据，这些都可以作为证明您与公司存在劳动关系的有效证据。
主张工资支付：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 您有权要求公司支付您已工作三个月的工资。
- 如果公司拒绝支付，您可以先与公司进行协商，尝试通过友好沟通解决问题。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请仲裁时，您需要提交仲裁申请书、身份证明以及能够证明劳动关系存在的证据材料。
- 劳动争议仲裁委员会将依法受理您的申请，并组织双方进行调解或仲裁。如果仲裁裁决支持您的诉求，公司应当履行裁决义务，支付您应得的工资。
提起诉讼：
- 如果公司对仲裁裁决不服，或者您对仲裁结果不满意，您还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，您需要提交起诉状、身份证明以及相关证据材料。法院将依法审理案件，并作出判决。如果判决支持您的诉求，公司应当履行判决义务，支付您应得的工资及可能的赔偿。
法律建议：
- 在处理此类纠纷时，建议您保持冷静和理性，避免采取过激行为。
- 尽可能收集并保存所有能够证明劳动关系存在和工资未支付的证据材料。
- 如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保护。
可能后果：
- 如果您能够成功证明劳动关系存在并主张工资支付，公司可能会被迫支付您应得的工资及可能的赔偿。
- 如果公司拒绝履行仲裁裁决或法院判决，您还可以申请强制执行，通过法律手段强制公司履行义务。
额外提醒：
- 在未来的工作中，建议您妥善保管好劳动合同等重要文件，以避免类似纠纷的发生。
- 如果您在劳动关系中遇到其他问题或困惑，也可以随时向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律帮助。