结论：针对您提出的“工伤私了离职公司赔钱少了，后来查到钱多那是公司扣除了吗”这一问题，不能直接断定就是公司扣除了，需要从多个角度进行分析和判断。

分析角度一：私了协议的内容与执行

1. 协议内容审查：首先，需要回顾您与公司签订的私了协议内容。协议中应明确列出了赔偿的项目、金额以及支付方式等关键信息。如果协议中明确规定了赔偿金额，并且公司实际支付的金额少于协议规定的金额，那么这很可能表明公司存在扣除或未足额支付的情况。

2. 协议执行情况：其次，要考察协议的执行情况。如果公司按照协议规定的时间和方式支付了赔偿金，但您后来发现实际到账金额与协议不符，那么这可能是由于银行手续费、税费扣除等原因导致的。然而，如果公司未按照协议规定支付，或者支付金额明显少于协议金额，且没有合理的解释，那么这很可能就是公司扣除了部分赔偿金。

分析角度二：公司扣除赔偿金的合法性

1. 法律依据：根据《工伤保险条例》等相关法律法规，工伤职工有权获得相应的工伤保险待遇，包括医疗费、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等。如果公司私自扣除这些费用，可能构成违法行为。

2. 扣除的合理性：即使公司声称有扣除赔偿金的理由，如代扣代缴税费、处理工伤事故的相关费用等，也需要审查这些扣除是否合理、合法。例如，税费扣除应按照国家税收法律法规的规定进行，且扣除的金额应与应纳税额相符；处理工伤事故的相关费用也应有明确的依据和合理的计算方式。

分析角度三：您的权益保护与救济途径

1. 与公司协商：如果您发现公司确实存在扣除赔偿金的情况，首先可以尝试与公司进行协商，要求公司按照协议规定足额支付赔偿金。

2. 申请劳动仲裁：如果协商无果，您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付未足额支付的赔偿金以及可能的违约金或赔偿金。

3. 提起诉讼：如果劳动仲裁结果不满意，您还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

建议：

• 在处理此类问题时，建议您保留好所有与工伤赔偿相关的证据材料，如私了协议、支付凭证、医疗费用发票等，以便在需要时提供证明。
• 如果您对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到充分保障，可以寻求专业律师的帮助，律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务。

最后，希望您能够顺利解决这个问题，维护好自己的合法权益。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。