结论：公交公司以内部制定的规章以驾驶员违章为由对驾驶员停职六个月的处罚是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 内部规章的合法性基础：

   • 公交公司作为用人单位，有权根据自身的经营特点和需要，制定内部规章制度来规范员工的行为。但这些规章制度必须符合国家法律法规的规定，不能与法律法规相抵触。
   • 如果公交公司的内部规章中明确规定了驾驶员违章的具体情形以及相应的处罚措施，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么该规章在内部管理上是具有合法性的。

2. 处罚措施的合理性：

   • 即使内部规章合法，公交公司对驾驶员的处罚措施也必须合理。停职六个月是一种较为严厉的处罚，需要确保该处罚与驾驶员的违章行为性质、情节以及造成的后果相适应。
   • 如果驾驶员的违章行为轻微，或者没有造成严重后果，而公交公司却给予了停职六个月的处罚，那么这种处罚可能被视为不合理，甚至可能构成对驾驶员权益的侵害。

3. 程序正当性：

   • 公交公司在对驾驶员进行处罚时，必须遵循正当的程序。这包括告知驾驶员违章的事实、依据以及处罚的理由，听取驾驶员的陈述和申辩，以及给予驾驶员申诉的机会等。
   • 如果公交公司在处罚过程中违反了正当程序，比如未告知驾驶员违章事实、未听取驾驶员的陈述和申辩等，那么该处罚可能因程序不当而被视为违法。

4. 法律法规的特别规定：

   • 在某些情况下，法律法规可能对用人单位的处罚权有特别规定。比如，对于某些特定的违章行为，法律法规可能规定了具体的处罚措施或限制了用人单位的处罚权。
   • 如果公交公司的处罚措施违反了法律法规的特别规定，那么该处罚也是违法的。

建议：

• 如果驾驶员认为公交公司的处罚不合法或不合理，可以首先与公交公司进行沟通协商，尝试通过内部途径解决问题。
• 如果沟通协商无果，驾驶员可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，驾驶员可以咨询专业律师（比如我，陈艳敏律师，专注于婚姻家庭、交通事故、合同纠纷领域，也处理过不少劳动纠纷案件）的意见，以便更好地了解自己的权益和维权途径。

可能后果：

• 如果公交公司的处罚被认定为违法或不合理，那么驾驶员可能有权要求公交公司撤销处罚、恢复工作、补发工资等。
• 如果公交公司的处罚行为给驾驶员造成了其他损失（如名誉损害、精神损害等），驾驶员还可以要求公交公司承担相应的赔偿责任。