针对您提出的“公交公司自查违章司机轻微违章，停司机班还罚款是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
首先，我们要明确的是，用人单位（包括公交公司）确实有权依据规章制度对员工的违规违纪行为进行处罚。这是用人单位管理员工、维护工作秩序的一种常见方式。然而，这种处罚必须合理合法，不能侵害劳动者的基本权利，如劳动权和获得劳动报酬的权利。
接下来，我们具体分析公交公司的处罚措施：
停司机班：
- 停工（或停司机班）作为一种处罚措施，其合法性取决于多个因素，包括违规行为的严重程度、停工时间的长短以及是否对劳动者的合法权益造成了损害。
- 如果公交公司的规章制度中明确规定了轻微违章的处罚措施包括停工，并且该规章制度是依法制定、经过民主程序并公示给员工的，那么在一定程度上，停工可能是合法的。
- 但是，如果停工时间过长，或者对劳动者的生活造成了严重影响，且没有合理的补偿或替代措施，那么这种处罚可能被视为不合理或违法。
罚款：
- 罚款作为一种经济处罚，其合法性也受到严格限制。
- 根据《劳动法》、《劳动合同法》以及相关地方法规（如《广东省工资支付条例》等），用人单位不得随意克扣劳动者的工资或进行罚款，除非有明确的法律法规依据或劳动合同中的约定。
- 如果公交公司的规章制度中规定了罚款措施，并且该规章制度符合法律法规的要求，同时罚款的金额和方式也合理合法，那么罚款可能是合法的。但需要注意的是，罚款的金额不应过高，且应确保劳动者的基本生活不受影响。
现在，我们结合您提供的具体案例来分析：
- 在您提到的案例中，公交公司对轻微违章的司机进行了停职下车学习7天并处以罚款的处罚。
- 如果这种处罚措施是公交公司依法制定的规章制度中的一部分，并且该规章制度已经公示给员工，同时处罚措施与司机的违规行为严重程度相符，没有对司机的合法权益造成过度损害，那么这种处罚可能是合法的。
- 但是，如果公交公司的规章制度中没有明确规定这种处罚措施，或者处罚措施过于严厉、不合理，那么这种处罚可能被视为违法。
结论与建议：
- 公交公司对轻微违章司机进行停工和罚款的处罚措施，其合法性取决于多个因素，包括规章制度的合法性、处罚措施的合理性以及是否对劳动者的合法权益造成了损害。
- 如果您认为公交公司的处罚措施不合理或违法，您可以先与公司进行沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 同时，作为劳动者，您也应该了解并遵守公司的规章制度，自觉维护工作秩序和交通安全。如果对公司的处罚措施有异议，应及时提出并寻求合理解决。