结论前置：单位在您已自行处理公车违章后仍要处罚罚钱是否合理，需分情况讨论，具体如下：

1. 从单位规章制度的角度分析：

   • 如果单位的规章制度中明确规定了员工驾驶公车违章后，除了需自行处理违章事宜外，单位还有权根据违章的严重程度对员工进行一定的经济处罚，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，或者已经告知了您，那么单位在您已自行处理违章后仍要处罚罚钱，可能是合理的。这是因为您作为单位员工，有义务遵守单位的规章制度，单位也有权依据规章制度对员工进行管理。
   • 法律依据：虽然直接的法律法规可能并未明确规定单位可以对员工驾驶公车违章进行经济处罚，但根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位有权依法制定规章制度，并对劳动者进行管理。只要规章制度不违反法律法规的强制性规定，且经过民主程序制定并公示或告知劳动者，就可以作为用人单位管理的依据。

2. 从处罚的合理性和合法性的角度分析：

   • 如果单位的处罚明显过重，或者与违章行为的性质、后果不相适应，那么这种处罚可能被视为不合理。例如，如果违章行为只是轻微的超速或未按规定停车，而单位却给予了高额的罚款，这可能超出了合理的管理范围。
   • 另外，如果单位的处罚违反了法律法规的强制性规定，如罚款金额超过了法定限额，或者处罚方式侵犯了您的合法权益，那么这种处罚就是不合法的。
   • 建议：在这种情况下，您可以先与单位进行沟通协商，表达您对处罚的异议，并要求单位提供处罚的依据和合理性说明。如果沟通无果，您可以考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

3. 从实际处理违章的角度分析：

   • 您已经自行处理了公车违章，这意味着您已经承担了违章行为带来的法律责任，如缴纳罚款、接受扣分等。如果单位在此基础上再对您进行经济处罚，实际上是对同一违章行为进行了双重处理。
   • 特殊情况：然而，如果单位的处罚并非针对违章行为本身，而是针对您在驾驶公车过程中存在的其他违规行为（如未按规定使用公车、未妥善保管公车等），且这些违规行为与违章行为是独立的，那么单位对您进行处罚可能是合理的。

综合建议：

• 在面对这种情况时，我建议您首先仔细阅读单位的规章制度，了解单位对员工驾驶公车违章的处理规定。
• 然后，您可以与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，表达您对处罚的异议，并要求单位提供处罚的依据和合理性说明。
• 如果沟通无果，或者您认为单位的处罚违反了法律法规的强制性规定，您可以考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 在整个过程中，保留好相关证据（如违章处理凭证、单位规章制度、沟通记录等）是非常重要的，这将有助于您维护自己的合法权益。

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