便利店因销售过期商品被罚款，店员是否违法需分情况讨论，具体处理方式如下：

1. 店员是否直接承担行政处罚责任
   根据《食品安全法》第124条，销售过期食品的行政处罚对象是经营者（即便利店主体），而非直接员工。若店员仅履行职务行为（如补货、收银），通常不会因商品过期被市场监管部门直接罚款。但若店员存在故意篡改生产日期、隐瞒过期事实等违法行为，可能因共同违法或帮助行为被追责。

2. 店员可能承担的民事或内部责任

   • 民事赔偿：若因店员重大过失（如未按规定检查保质期）导致消费者损害，便利店赔偿后可能向店员追偿（依据《民法典》第1191条）。
     
   • 内部处分：便利店可根据规章制度对店员进行警告、扣薪等处分，但需确保制度合法且已告知员工。

3. 便利店被罚款后的处理建议

   • 立即整改：下架所有过期商品，建立保质期预警机制（如电子标签、专人巡查）。
     
   • 配合调查：主动向市场监管部门提交进货记录、销售台账等证据，争取从轻处理（如《行政处罚法》第32条“主动消除危害后果”可减轻处罚）。
     
   • 内部追责：若店员存在故意或重大过失，可依据劳动合同或规章制度处理，但需避免过度处罚引发劳动纠纷。

4. 消费者维权时的店员责任
   若消费者因食用过期食品受伤，便利店需承担赔偿责任（《食品安全法》第148条）。店员若参与销售过程（如明知过期仍推荐），可能被认定为共同侵权人，但实践中更倾向于由经营者承担主要责任。

总结：店员通常不直接承担行政罚款，但可能因过错承担民事赔偿或内部责任。便利店应优先整改并配合调查，同时完善内部管理以降低风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。