结论：申请劳动仲裁后人事办理员工离职，需分情况看待，不同情况有不同的处理要点和注意事项。

1. 若员工主动申请离职且仲裁事项与离职无直接冲突
   • 处理要点：员工正常按照公司规定的离职流程办理手续即可，比如提前提交书面离职申请、进行工作交接等。人事部门也应按照既定程序为员工办理离职证明开具、社保公积金停缴等相关事宜。
   • 注意事项：员工要确保在离职前已经充分收集和保留好与仲裁事项相关的证据，以免离职后取证困难。人事部门在办理离职过程中，要注意言行规范，避免因不当言论或行为给公司带来不必要的法律风险，比如不能以仲裁为由威胁员工放弃相关权益。
2. 若员工因公司违法行为（如拖欠工资、未签劳动合同等）申请仲裁，公司以此为由解除劳动合同
   • 处理要点：公司单方面解除劳动合同必须要有合法依据和合理程序。如果公司解除劳动合同的行为缺乏法律依据，属于违法解除，员工可以要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金。此时，人事部门在办理离职时，要谨慎处理解除劳动合同的通知等相关文件，确保文件内容合法合规。员工若不同意公司的解除决定，要及时向仲裁机构说明情况，维护自己的合法权益。
   • 注意事项：公司违法解除劳动合同，需要承担相应的法律后果。人事部门要充分认识到这一点，避免因错误操作给公司带来更大的损失。员工在面对公司违法解除时，要保留好公司解除劳动合同的相关证据，如解除通知、聊天记录等。
3. 若仲裁裁决已出，公司或员工根据裁决结果办理离职
   • 处理要点：如果仲裁裁决支持员工的诉求，比如要求公司支付经济补偿、办理离职手续等，公司应当按照裁决结果及时履行义务。人事部门要积极配合，按照裁决要求为员工办理离职相关事宜，如支付补偿金、转移档案等。如果员工对裁决结果不满意，在法定期限内可以向法院提起诉讼，此时离职手续的办理可能会根据诉讼结果进行调整。
   • 注意事项：公司和员工都要尊重仲裁裁决的效力，及时履行相应的义务。如果一方不履行裁决，另一方可以向法院申请强制执行。在诉讼期间，离职手续的办理可能会处于暂停或待定状态，双方要保持沟通，根据法院的判决结果进行后续处理。

在整个过程中，无论是公司还是员工，都要严格遵守法律法规的规定。如果你在劳动仲裁及离职办理过程中遇到任何具体的法律问题，都可以直接向我咨询。