结论：不合法。用人单位的行为同时违反了最低工资标准和社会保险缴纳的强制性规定，您有权通过法律途径主张权益。 以下是具体分析：

一、关于工资标准：可能违反最低工资规定

根据《劳动法》第48条及《最低工资规定》，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若您所在乡镇的最低工资标准高于1000元/月（例如多数地区2023年最低工资在1500-2000元区间），则超市长期支付1000余元工资属于违法行为。
例外情形：若您的工资构成中包含加班费、津贴等非固定部分，且扣除后低于最低工资，则需具体核算。但根据您描述的“工资一千多”，推测可能未达标准。

二、关于社会保险：必须依法缴纳

根据《社会保险法》第58条、第60条，用人单位必须自用工之日起30日内为劳动者办理社保登记并缴纳社保（含养老、医疗、失业、工伤、生育保险）。即使您自愿放弃或超市以“补贴”形式替代，该约定也因违反法律强制性规定而无效。
风险提示：未缴纳社保可能导致您无法享受医保报销、失业金领取、工伤赔偿等权益，且退休后养老金可能大幅降低。

三、您的权利与维权建议

1. 协商解决：可先与超市沟通，要求补发工资差额、补缴社保（需注意社保补缴可能受2年时效限制，但工资差额主张可追溯至劳动关系存续期间）。
   
2. 投诉举报：向当地劳动监察大队投诉（电话：12333），监察部门可责令超市限期整改，逾期不缴可能面临罚款。
   
3. 申请仲裁：若协商、投诉无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张：
   
   • 补发工资差额（按最低工资标准计算）；
     
   • 补缴社保（需通过社保部门强制征缴）；
     
   • 经济补偿金（若因此解除劳动合同，可按工作年限主张，每满1年支付1个月工资）。
     

行动提示：建议尽快收集劳动合同、工资条、考勤记录等证据，以证明劳动关系及工资水平。若超市未签劳动合同，还可主张双倍工资差额（最多11个月）。

如有进一步疑问或需协助计算具体赔偿金额，可直接向我咨询。