结论：在两个人合作开公司但未签订合作协议的情况下，法律上仍然可能认定双方存在合作关系，具体取决于实际履行情况、出资情况、双方行为以及行业惯例等因素。

分析：

1. 合作关系的认定依据：

   • 实际履行情况：如果双方已经按照口头约定或实际行为进行了合作，比如共同出资、共同经营、共享收益等，那么即使没有书面协议，法律也可能认定双方存在合作关系。这是因为法律尊重事实，会考虑双方的实际行为和意图。
   • 出资情况：如果双方都有出资，并且出资比例明确，这也可以作为认定合作关系的重要依据。出资是合作的基础，如果双方都有出资，那么很可能存在合作关系。
   • 双方行为：双方在日常经营中的行为，如共同决策、共同管理、共同承担风险等，也是认定合作关系的重要因素。
   • 行业惯例：在某些行业中，口头协议或事实合作关系是常见的，法律在认定时也会考虑行业惯例。

2. 未签订合作协议的风险：

   • 权益保障不足：没有书面协议，双方在合作过程中的权益可能无法得到充分保障。一旦发生纠纷，难以通过书面证据来维护自己的权益。
   • 责任划分不清：没有明确的合作协议，双方在合作中的责任可能划分不清，导致在承担风险或损失时产生争议。
   • 合作稳定性差：缺乏书面协议的合作往往缺乏稳定性，容易因为各种原因而解散或产生纠纷。

3. 法律建议：

   • 补签合作协议：如果双方已经存在事实合作关系，但尚未签订书面协议，建议尽快补签合作协议，明确双方的权利义务、出资比例、利润分配、风险承担等关键条款。
   • 收集证据：在补签协议前，双方应尽可能收集能够证明合作关系的证据，如出资凭证、经营记录、通信记录等，以备不时之需。
   • 咨询专业律师：在补签协议或处理合作纠纷时，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性，以及纠纷的妥善解决。

后续行动建议：

• 如果双方希望继续合作，应尽快签订书面合作协议，以明确双方的权利义务和合作细节。
• 如果双方已经产生纠纷，应首先尝试通过协商解决；协商不成的，可以考虑通过法律途径解决，如诉讼或仲裁。在此过程中，应充分准备证据，以支持自己的主张。

总结：虽然未签订合作协议可能给双方带来一定的风险，但法律上仍然可能根据实际履行情况、出资情况、双方行为以及行业惯例等因素认定双方存在合作关系。因此，建议双方尽快补签合作协议，并咨询专业律师以确保合作的合法性和稳定性。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。