三人合作开公司，其中两人不是股东的情况下，可以通过签订合作协议来明确各方的权利和义务。以下是从不同角度对此问题的详细解答：

一、合作协议的法律基础与必要性

合作协议是各方就合作事项达成一致意见后，以书面形式固定下来的法律文件。它具有法律约束力，能够保护各方的合法权益，避免未来可能出现的纠纷。在三人合作开公司，其中两人不是股东的情况下，签订合作协议尤为重要，因为它可以明确非股东方的参与方式、权益分配、责任承担等关键问题。

二、合作协议的主要内容

1. 合作方的信息：包括合作方的姓名（或名称）、身份证号码（或统一社会信用代码）、联系方式等基本信息。

2. 合作目的与范围：明确合作的具体目的，如共同经营某项业务、开发某个项目等，以及合作的具体范围，如业务领域、地域范围等。

3. 非股东方的参与方式：详细描述非股东方的参与方式，如是否以技术、资金、管理等方式参与，以及参与的具体程度和方式。例如，非股东方可以提供技术支持或市场渠道，但不直接参与公司的日常经营管理。

4. 权益分配：明确各方在合作中的权益分配方式，包括利润分配、股权分配（如果未来有股权变更的可能）、知识产权归属等。对于非股东方，可以约定其享有合作项目的利润分成权，但不享有公司的股权。

5. 责任承担：规定各方在合作中应承担的责任和义务，包括违约责任、赔偿责任等。例如，如果非股东方未能按照约定提供技术支持或市场渠道，导致合作项目受损，应承担相应的赔偿责任。

6. 合作期限与终止条件：明确合作的期限以及终止合作的条件和程序。合作期限可以根据实际情况约定为固定期限或不定期限。终止条件可以包括合作目的实现、一方严重违约等。

7. 争议解决方式：约定各方在合作过程中发生争议时的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

三、合作协议的签订与执行

1. 签订程序：合作协议应由各方在平等、自愿、公平的基础上签订，并确保各方对协议内容有充分的理解。签订前，各方可以就协议内容进行充分的协商和讨论，以确保协议的公平性和合理性。

2. 执行与监督：合作协议签订后，各方应严格按照协议内容执行。为了确保协议的顺利执行，可以设立监督机制，如定期召开合作会议、设立合作账户等。同时，各方应保持密切的沟通与协作，及时解决合作过程中出现的问题。

四、法律建议

1. 寻求专业法律意见：在签订合作协议前，建议各方寻求专业律师的法律意见，以确保协议的合法性和有效性。律师可以对协议内容进行审查，提出修改建议，并帮助各方理解协议的法律后果。

2. 明确协议条款：在签订合作协议时，应确保协议条款明确、具体、无歧义。避免使用模糊或含糊不清的表述，以免未来产生纠纷。

3. 保留相关证据：在合作过程中，各方应保留与合作相关的证据，如合作协议、会议记录、转账凭证等。这些证据在未来可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。

如果你在签订合作协议或合作过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。