结论：早退6秒扣50元是否合理，不能一概而论，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度中明确规定了早退的处罚措施，且该规章制度已经过上述民主程序制定并公示，那么该规章制度对劳动者具有约束力。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了早退的处罚措施，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定对双方均具有约束力。
二、处罚措施的合理性
比例原则：
- 处罚措施应当与劳动者的过错程度相适应，遵循比例原则。早退6秒属于轻微违纪行为，若公司因此扣除50元，需评估该处罚是否过于严厉，是否超出了合理范围。
法律法规限制：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 在本例中，若早退6秒并未给公司造成实际经济损失，或经济损失远小于50元，那么公司扣除50元可能缺乏合理依据。
三、建议与行动
核查规章制度与劳动合同：
- 建议您首先核查公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于早退的处罚措施是否明确、合法。
与公司沟通：
- 若您认为处罚措施不合理，可以与公司进行沟通，表达您的异议，并要求公司提供合理的解释和依据。
申请劳动仲裁：
- 若沟通无果，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司撤销不合理的处罚决定，并返还被扣除的工资。
示例说明：假设您的月工资为5000元，早退6秒被扣除50元，占月工资的1%。若公司规章制度或劳动合同中未明确规定早退的处罚措施，或规定过于严厉，那么该处罚可能缺乏合理依据。在此情况下，您可以与公司沟通或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
进一步思考：在处理此类问题时，除了关注处罚措施的合理性外，还应关注公司规章制度的制定程序是否合法、劳动合同的约定是否明确等问题。同时，作为劳动者，也应自觉遵守公司的规章制度和劳动合同的约定，维护良好的劳动关系。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。