结论：该规定是否合理需分情况讨论，1. 若公司制度合法且扣款后工资不低于最低工资标准则可能合理；2. 若制度违法或扣款后工资低于最低标准则不合理。

1. 从公司制度合法性角度分析
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定规章制度需满足三个条件：内容合法（不违反法律强制性规定）、程序民主（经职工代表大会或全体职工讨论）、公示告知（明确告知劳动者）。若公司早退扣款制度未履行上述程序，即使写入员工手册也属违法，劳动者可主张制度无效。
   例如，某公司未召开职工代表大会讨论扣款规则，仅由管理层单方面制定，此类制度因程序违法可能被认定无效。

2. 从扣款金额合理性角度分析
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   假设当地最低工资为2000元/月，劳动者月薪3000元，则每月最多扣款600元（3000×20%）。若早退一次扣50元，每月早退12次以上即超限，此时超出部分违法。若扣款后工资低于2000元，公司也需补足差额。

3. 从劳动权益保护角度分析
   实践中，部分企业通过“严苛考勤”变相降低劳动成本，此类行为可能涉及未及时足额支付劳动报酬（《劳动合同法》第三十八条）。劳动者可先向公司提出异议，要求出具书面扣款依据；若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张返还违法扣款。

建议行动步骤：

1. 核查公司规章制度是否经民主程序制定并公示；
   
2. 计算每月实际扣款总额是否超过工资20%或低于最低工资标准；
   
3. 保留考勤记录、工资条等证据，通过书面形式向公司提出异议；
   
4. 若公司拒绝整改，可携带证据向劳动监察部门投诉或申请仲裁。
   

如有进一步细节需分析（如公司制度内容、当地最低工资标准等），可直接向我补充提问。