结论：早退扣三天工资是否合法，取决于用人单位的规章制度、扣罚程序及扣罚标准的合理性。以下从不同角度进行分析：
合法情况
规章制度明确且程序合法：
- 用人单位若通过民主程序制定了规章制度，并已向劳动者公示，明确规定早退达到一定次数或情形下可以扣除相应工资，且扣罚标准合理，则此扣除行为具有合法性基础。例如，规章制度中规定“员工早退一次，扣除当日工资的20%；早退三次及以上，扣除三天工资”，且该制度经过职工代表大会讨论通过并公示，那么在此情况下扣三天工资是合法的。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了早退属于违反合同约定的行为，并规定了相应的扣薪条款，且该条款公平合理，与规章制度相一致，那么在此情况下扣三天工资也是合法的。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第十七条，劳动合同应当具备以下条款：…（六）劳动报酬；…（八）劳动纪律；…。劳动合同除前款规定的必备条款外，用人单位与劳动者可以约定试用期、培训、保守秘密、补充保险和福利待遇等其他事项。
扣罚合理：
- 扣工资的额度应当合理，确保扣罚金额与员工的过错相适应。扣除的金额一般不应超出劳动者当月应得薪酬的一定比例（如20%），且扣除后的剩余工资不能低于当地最低工资标准。若早退行为对用人单位造成的损失与扣罚金额相当，且符合上述比例和最低工资标准要求，则扣三天工资可能是合理的。
不合法情况
无规章制度或程序不合法：
- 用人单位没有相关规章制度，或规章制度的制定程序不合法（如未经过民主程序、未公示告知），则直接扣三天工资的行为不合法。
- 示例：用人单位未制定任何关于早退扣工资的规章制度，也未在劳动合同中约定相关条款，突然以早退为由扣除员工三天工资，这种行为是违法的。
扣罚标准过高或不合理：
- 如果扣罚标准过高，导致员工工资大幅减少，甚至影响其基本生活，这种扣工资行为也可能被认定为不合法。例如，员工早退一次，用人单位就扣除三天工资，且该员工当月工资本就不高，扣除后工资低于当地最低工资标准，这种扣罚标准显然过高且不合理。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
劳动者应对措施
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣工资的理由，并提供相应的证据和规章制度依据。
- 投诉举报：若协商不成，劳动者可向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣工资。
- 劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
总结：早退扣三天工资是否合法，需根据用人单位的规章制度、扣罚程序及扣罚标准的合理性进行综合判断。劳动者应了解相关法律法规，保护自己的合法权益；用人单位也应遵守法律规定，合理行使用工管理权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。