扣员工3天工资是否合法，主要取决于用人单位是否有合法合理的依据、是否遵循了相关程序以及是否符合法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
规章制度依据明确且程序合法：
- 用人单位若通过民主程序制定了规章制度，并已向劳动者公示，明确规定在某些情形下（如旷工、迟到早退达到一定次数等）可以扣除相应工资，且扣除的工资数额和方式均符合法律法规的规定，则此扣除行为具有合法性基础。这是用人单位行使用工管理自主权的重要体现，旨在维护正常的生产经营秩序。
劳动者原因造成经济损失：
- 若劳动者因自身故意或重大过失行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。在此情况下，如果扣除的工资数额未超过法定限制，且符合劳动合同和规章制度的规定，那么扣除行为是合法的。
员工请事假或法定代扣：
- 员工请事假期间，用人单位有权不支付该期间工资，这不属于“扣工资”范畴，而是正常的工资计发方式。
- 法律法规明确规定的其他情况，如法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等，用人单位也可依法代扣。
不合法情况
缺乏规章制度依据或程序不合法：
- 若用人单位没有制定合法有效的规章制度，或虽有制度但未经过民主程序制定及公示，或扣除理由与规章制度不符，则扣除工资行为缺乏合法性基础。例如，用人单位随意制定规章制度，规定旷工1天扣3天工资，且未经过民主程序和公示，那么这种扣除行为就是不合法的。
无故克扣工资：
- 在劳动者正常工作、无违规违纪行为的情况下，用人单位无故克扣三天工资是违法的。我国法律明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。例如，劳动者按时出勤、完成工作任务，但用人单位却以各种理由扣除其三天工资，这种行为就是违法的。
超出法定扣薪范围：
- 即使劳动者存在违规行为，用人单位扣除的工资数额也不得超过法定限制。例如，劳动者旷工1天，用人单位却扣除其3天工资，这实际上多扣了劳动者2天的工资，属于克扣工资的行为，违反了法律法规的规定。
劳动者应对措施
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣工资的理由，并提供相应的证据和规章制度依据。如果用人单位无法提供合法合理的依据，或者扣除行为明显违法，那么劳动者可以拒绝接受。
- 投诉举报：若协商不成，劳动者可向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣工资。劳动监察部门将会对用人单位的违法行为进行调查处理，并保障劳动者的合法权益。
- 劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。劳动仲裁机构或法院将会根据法律法规的规定，对争议进行裁决或判决，并保障劳动者的合法权益得到实现。
综上所述，扣三天工资是否合法需根据具体情况判断。劳动者应了解相关法律法规，保护自己的合法权益；用人单位也应遵守法律规定，合理行使用工管理权。如果遇到类似问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。