结论前置：员工离职扣三天工资是否合法，需结合具体情况判断，主要包括用人单位是否有合法合理的依据、是否遵循了相关程序以及是否符合法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合法情况
规章制度明确且程序合法：
- 如果用人单位的规章制度明确规定了员工离职（包括自离）需要扣除一定天数的工资作为违约金或其他费用，并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）并向员工公示（如通过培训、公告栏张贴、电子邮件发送等方式），那么在符合法律规定的条件下（如扣除金额不超过法定标准，且扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准），这种扣款可能是合法的。但需注意，实践中很少有规章制度能完全满足这一条件，且扣除工资作为违约金等做法往往受到严格限制。
员工请事假或法定代扣：
- 如果员工在离职前请了事假，且用人单位在事假期间不支付工资，这不属于“扣工资”范畴，而是正常的工资计发方式。
- 法律法规明确规定的其他情况，如法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等，用人单位也可依法代扣，但这与离职扣工资无直接关联。
员工造成经济损失且赔偿合理：
- 若员工因自身故意或重大过失行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若扣除三天工资作为赔偿，且符合上述限制条件，则可能是合法的。
不合法情况
缺乏规章制度依据或程序不合法：
- 若用人单位没有制定合法有效的规章制度，或虽有制度但未经过民主程序制定及公示，或扣除理由与规章制度不符，则扣除工资行为缺乏合法性基础，是违法的。
无故克扣工资：
- 在劳动者正常工作、无违规违纪行为，且未给用人单位造成经济损失的情况下，用人单位无故克扣三天工资是违法的。我国法律明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
劳动者应对措施
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣工资的理由，并提供相应的证据和规章制度依据。
- 投诉举报：若协商不成，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣工资。
- 劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
法律后果
- 用人单位风险：用人单位擅自扣除员工工资可能引发劳动纠纷，导致劳动仲裁或诉讼。一旦败诉，用人单位不仅需要补发工资，还可能面临支付赔偿金等法律责任。同时，不规范的用工管理会损害企业的社会形象和声誉，影响企业的长期发展。
- 劳动者权益：劳动者有权获得劳动报酬，用人单位不得克扣或无故拖欠。若劳动者权益受到侵害，可通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：员工离职扣三天工资是否合法，需根据具体情况判断。作为劳动者，应了解相关法律法规，保护自己的合法权益；作为用人单位，也应遵守法律规定，合理行使用工管理权，避免不必要的法律风险。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。