在厂里做了三天离职，厂里扣钱是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或规章制度中有明确且合理的约定：

   • 如果劳动合同或工厂的规章制度中明确规定了，在一定期限内（如试用期）离职需扣除相应天数的工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如扣除比例未超过法定范围，扣除后工资不低于当地最低工资标准），那么这种扣工资行为可能是合法的。但需注意，规章制度需经过民主程序制定，并向劳动者公示告知。

2. 若劳动者擅自离职给用人单位造成损失：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，如果劳动者未提前通知就擅自离职，给工厂造成了实际损失，工厂有权要求赔偿，并从工资中扣除相应金额，但需遵守上述限制。

3. 若劳动者按正常流程办理离职手续：

   • 如果劳动者按照正常流程办理了离职手续，比如提前通知了用人单位，且未给工厂造成实际损失，那么工厂无故扣三天工资就是不合法的。劳动者可以与工厂协商，要求其足额支付工资。

4. 若双方无明确约定且工厂无合理依据：

   • 如果劳动合同中未作此约定，或者扣工资的行为违反了相关法律法规（如未提前通知即扣工资、扣工资比例过高超过法定范围等），那么这种扣工资行为就是不合法的。劳动者有权向劳动监察部门提出投诉和举报，以期获得工厂的赔偿。

建议与行动指南：

• 核实劳动合同与规章制度：首先，劳动者应核实自己的劳动合同和工厂的规章制度中是否有关于离职扣工资的约定，以及该约定是否合法合规。
• 与工厂协商：如果认为工厂扣工资的行为不合法，劳动者可以与工厂进行协商，要求其足额支付工资。
• 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门提出投诉和举报，维护自己的合法权益。
• 申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，通过法律途径解决争议。

总结：在厂里做了三天离职，厂里扣钱是否合法，取决于劳动合同、规章制度中的约定以及离职的具体情形。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取法律行动维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。