工厂离职扣三天工资是否合法，需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、离职扣工资不合法的情况
无规章制度依据或恶意克扣：
- 如果工厂并未制定明确的、经过民主程序且向劳动者公示的规章制度来规定离职扣工资的情况，那么任何扣工资的行为都是缺乏依据的，因此是不合法的。
- 劳动者按照法律规定的程序提前通知工厂离职，并完成了正常的工作交接，但工厂却恶意克扣工资，这种行为同样违法。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
未提前通知但非恶意离职：
- 即使劳动者未提前通知工厂离职，但如果工厂因此扣发工资，且没有合理的损失证明，这种行为也可能被视为违法。因为工资是劳动者应得的劳动报酬，不应因未提前通知而被随意扣发。
二、离职扣工资可能合法的情况
尽管一般情况下离职扣工资是不合法的，但也存在一些特定情形，使得工厂有权扣发工资：
劳动者给工厂造成经济损失：
- 若劳动者在工作期间因故意或重大过失给工厂造成了经济损失，且工厂能够依法证实这一点，那么工厂有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中扣除相应的赔偿费用。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
违反服务期或竞业限制约定：
- 如果工厂为劳动者提供了专项培训费用，并与其订立了服务期协议，而劳动者在服务期内辞职，违反了服务期约定，那么劳动者应当按照约定向工厂支付违约金。但违约金的数额不得超过工厂提供的培训费用，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 若工厂与劳动者在劳动合同中约定了竞业限制条款，且劳动者离职后违反了竞业限制约定，如到与原工厂有竞争关系的单位工作，那么工厂有权要求其支付违约金，并从工资中扣除相应金额。不过，这种情况较为特殊，且需要明确的合同约定作为依据。
三、如何维护自身权益
对于劳动者而言，如果遭遇非法扣工资的情况，可以通过以下途径来维护自身权益：
- 与工厂协商：首先尝试与工厂进行沟通，了解扣工资的具体原因，并要求返还被扣的工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，由劳动行政部门责令工厂限期支付劳动报酬。
- 申请劳动仲裁：若工厂仍不支付，劳动者可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径来解决问题。
- 提起诉讼：对于劳动仲裁结果不满意的，劳动者还可以在规定的期限内向法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。
总结与建议：工厂离职扣三天工资是否合法，需根据具体情况来判断。在一般情况下，离职扣工资是不合法的；但在某些特定情形下，如劳动者给工厂造成经济损失、违反服务期或竞业限制约定等，工厂有权扣发工资。劳动者在遭遇此类问题时，应依法维护自身权益，通过合法途径来解决问题。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。