自动离职扣三天工资是否合法，需结合具体情况来判断。以下是从不同角度的详细分析：
一、法律原则与规定
劳动者享有劳动报酬权：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三条和第五十条的规定，劳动者有取得劳动报酬的权利，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法定或约定的合法理由，否则用人单位无权扣除劳动者的工资。
用人单位的扣款权限受限：
- 用人单位可以代扣劳动者工资的法定情形主要包括个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。除此之外，用人单位不得随意克扣劳动者工资。自动离职扣三天工资并不属于这些法定情形之一。
规章制度需合法有效：
- 如果用人单位想通过制定规章制度的方式来规范员工自动离职行为并设定相应的经济处罚措施，那么这些规章制度必须内容合法、程序民主且经过公示告知全体员工。否则，这些规章制度将不具有法律效力，用人单位不能依据其扣除员工工资。
二、具体情况分析
规章制度明确且合法的情况：
- 如果用人单位的规章制度明确规定了员工自动离职需要扣除一定天数的工资作为违约金或其他费用，并且该规章制度已经过民主程序制定并向员工公示，那么在符合法律规定的条件下（如扣除金额不超过法定标准，且不违反劳动法的强制性规定），这种扣款可能是合法的。但需注意，实践中很少有规章制度能完全满足这一条件，且自动离职扣三天工资的规定很可能因违反劳动法原则而被认定为无效。
规章制度不明确或违法的情况：
- 如果用人单位没有明确的规章制度规定员工自动离职需要扣工资，或者规章制度本身存在违法之处（如未经民主程序制定、未向员工公示等），那么用人单位无权擅自扣除员工工资。在这种情况下，自动离职扣三天工资的做法显然是不合法的。
实际损失赔偿的情况：
- 如果员工的自动离职行为给用人单位造成了实际经济损失（如招聘费用、培训费用、生产延误损失等），用人单位可以要求员工承担相应的赔偿责任。但这种赔偿必须以实际损失为限，且需要提供充分的证据支持。同时，赔偿的扣除也需遵循法律规定，如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。自动离职扣三天工资并不等同于实际损失赔偿，因此不能作为扣除工资的合法理由。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果用人单位以自动离职为由扣除工资，应首先查看用人单位的规章制度是否明确规定了这一扣款措施，并判断其是否合法有效。如果规章制度不合法或未向员工公示，劳动者有权拒绝扣除工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应依法制定规章制度，明确员工自动离职的处理方式和经济处罚措施（如有），并确保这些规章制度内容合法、程序民主且经过公示告知全体员工。同时，在处理员工自动离职问题时，应综合考虑具体情况，避免一刀切的做法，体现人性化管理。
法律后果：
- 如果用人单位擅自扣除员工工资，可能引发劳动纠纷，导致劳动仲裁或诉讼。一旦败诉，用人单位不仅需要补发工资，还可能面临支付赔偿金等法律责任。此外，不规范的用工管理还会损害企业的社会形象和声誉，影响企业的长期发展。
综上所述，自动离职扣三天工资的做法在法律上通常是不合法的。用人单位应依法处理员工自动离职问题，确保工资扣除的合法性和合理性；劳动者也应了解自己的权益，必要时采取法律手段维护自身利益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。