结论：辞职扣三天工资是否合法，主要取决于用人单位是否有合法合理的依据、是否遵循了相关程序以及是否符合法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

合法情况

1. 规章制度明确且程序合法：

   • 如果用人单位通过民主程序制定了规章制度，并已向劳动者公示，明确规定在某些情形下（如旷工、迟到早退达到一定次数、未按规定提前通知辞职等）可以扣除相应工资，且扣除三天工资作为违约金或其他费用的规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除行为可能具有合法性基础。但需注意，规章制度中的扣除条款必须合理，不能过分苛刻或显失公平。

2. 劳动者原因造成经济损失：

   • 若劳动者因自身故意或重大过失行为给用人单位造成了经济损失，且该损失与辞职行为有直接关联（如未完成交接工作导致公司损失），用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若扣除三天工资作为赔偿，且符合上述限制条件，则可能是合法的。

3. 员工未提前通知辞职：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者解除劳动合同，应当提前三十日以书面形式通知用人单位（试用期提前三日）。若员工未提前通知而擅自离职，给用人单位造成损失的，用人单位有权要求赔偿。但直接扣除三天工资作为赔偿可能缺乏直接法律依据，除非规章制度中有明确规定且符合法定程序。

不合法情况

1. 缺乏规章制度依据或程序不合法：

   • 若用人单位没有制定合法有效的规章制度，或虽有制度但未经过民主程序制定及公示，或扣除理由与规章制度不符，则扣除工资行为缺乏合法性基础。在这种情况下，用人单位无权擅自扣除员工工资。

2. 无故克扣工资：

   • 在劳动者正常工作、无违规违纪行为且未给用人单位造成经济损失的情况下，用人单位无故克扣三天工资是违法的。我国法律明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

劳动者应对措施

• 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣工资的理由，并提供相应的证据和规章制度依据。
• 投诉举报：若协商不成，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣工资。
• 劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。

建议：作为劳动者，在辞职时应尽量遵守公司的规章制度和劳动合同约定，提前通知并做好交接工作，以避免不必要的纠纷。同时，也要了解自己的合法权益，如遇到用人单位无故克扣工资的情况，应及时采取措施维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。