结论：早退扣三倍工资一般是不合法的，但具体是否合法还需结合用人单位的规章制度以及劳动合同的约定来判断。
分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定规章制度时，应当遵循合法、合理、公平的原则，并且不得违反法律法规的强制性规定。工资扣除作为规章制度的一部分，也应当遵循这些原则。
- 具体来说，法律并未明确规定早退可以扣三倍工资，这样的规定可能缺乏法律依据，且可能违反公平合理原则。
规章制度与劳动合同的约定：
- 用人单位可以在规章制度或劳动合同中约定对早退行为的处罚措施，但这些措施应当合理且合法。扣三倍工资可能被视为过于严厉，且可能不符合法律法规的规定。
- 如果规章制度或劳动合同中明确规定了早退扣三倍工资，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，同时劳动者在签订劳动合同时已经知晓并同意该规定，那么该规定可能在一定程度上具有约束力。然而，即便如此，这样的规定也可能因为过于严厉而面临法律挑战。
实际操作中的建议：
- 对于用人单位而言，应当制定合理且合法的规章制度，明确早退等违纪行为的处罚措施，并确保这些措施不违反法律法规的强制性规定。同时，在制定规章制度时，应当充分听取劳动者的意见和建议，确保规章制度的公平性和合理性。
- 对于劳动者而言，如果发现用人单位的规章制度或劳动合同中存在不合法或不合理的规定，如早退扣三倍工资等，可以向用人单位提出异议或寻求法律援助。在维护自身权益的同时，也应当遵守用人单位的合理规章制度和劳动合同的约定。
可能的法律后果：
- 如果用人单位因早退而扣除劳动者三倍工资，且该规定缺乏法律依据或违反公平合理原则，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还被扣除的工资，并可能获得相应的赔偿。
- 在极端情况下，如果用人单位的规章制度或劳动合同中的规定严重违反法律法规的强制性规定，该规定可能被认定为无效，用人单位可能面临法律处罚和声誉损失。
总结与建议：
早退扣三倍工资一般是不合法的，但具体是否合法还需结合用人单位的规章制度以及劳动合同的约定来判断。建议用人单位制定合理且合法的规章制度，明确早退等违纪行为的处罚措施；同时，劳动者也应当了解自身的权益和义务，在发现用人单位存在不合法或不合理的规定时及时提出异议或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。